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- PDB-7c3j: Structure of L-lysine oxidase D212A/D315A in complex with L-pheny... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c3j
タイトルStructure of L-lysine oxidase D212A/D315A in complex with L-phenylalanine
要素L-lysine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lysine oxidase activity / L-lysine oxidase / L-amino-acid oxidase activity / amino acid catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PHENYLALANINE / L-Lysine alpha-oxidase / L-lysine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Hypocrea rufa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kitagawa, M. / Matsumoto, Y. / Inagaki, K. / Imada, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24560962 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural basis of strict substrate recognition of l-lysine alpha-oxidase from Trichoderma viride.
著者: Kondo, H. / Kitagawa, M. / Matsumoto, Y. / Saito, M. / Amano, M. / Sugiyama, S. / Tamura, T. / Kusakabe, H. / Inagaki, K. / Imada, K.
履歴
登録2020年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lysine oxidase
B: L-lysine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,03712
ポリマ－121,5752
非ポリマー2,46210
水11,656647
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area35760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.920, 169.680, 118.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 L-lysine oxidase


分子量: 60787.598 Da / 分子数: 2 / 変異: D212A,D315A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea rufa (菌類) / プラスミド: pCold IV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21
参照: UniProt: A0A0J9X1X3, UniProt: A0A0G4DCU0*PLUS, L-lysine oxidase

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非ポリマー , 5種, 657分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1% (w/v) PEG 400, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 2.1 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→95.2 Å / Num. obs: 58372 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 20.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4495 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3X0V

3x0v


解像度: 2.2→68.99 Å / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.6653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 3004 5.16 %
Rwork0.1858 55260 -
obs0.1884 58264 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→68.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8074 0 164 647 8885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00318482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.635411541
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.14496774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.29321300.23312639X-RAY DIFFRACTION98.4
2.24-2.270.281420.2212590X-RAY DIFFRACTION98.59
2.27-2.320.24741270.21242541X-RAY DIFFRACTION97.12
2.32-2.360.2741420.21142518X-RAY DIFFRACTION95.86
2.36-2.410.29971280.21222606X-RAY DIFFRACTION98.17
2.41-2.460.23581470.20632624X-RAY DIFFRACTION98.89
2.46-2.520.22751380.19562610X-RAY DIFFRACTION99.24
2.52-2.580.24411660.19532600X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.650.26931410.2052622X-RAY DIFFRACTION99.14
2.65-2.730.30161530.19842602X-RAY DIFFRACTION99.49
2.73-2.820.29171400.19952648X-RAY DIFFRACTION99.43
2.82-2.920.251480.20262617X-RAY DIFFRACTION98.93
2.92-3.030.24721740.22605X-RAY DIFFRACTION99.21
3.03-3.170.26991430.19472639X-RAY DIFFRACTION99.29
3.17-3.340.21961500.18112614X-RAY DIFFRACTION98.5
3.34-3.550.24471420.17722618X-RAY DIFFRACTION97.91
3.55-3.820.17671400.15922684X-RAY DIFFRACTION99.58
3.82-4.210.18811320.14772669X-RAY DIFFRACTION99.72
4.21-4.820.20011480.14912688X-RAY DIFFRACTION99.86
4.82-6.070.20681380.18012749X-RAY DIFFRACTION99.9
6.07-68.990.22611350.19562777X-RAY DIFFRACTION97.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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