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万見
- PDB-7d3v: Non-specific and specific interactions work cooperatively to prom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d3v
タイトルNon-specific and specific interactions work cooperatively to promote cytidine deamination catalyzed by APOBEC3A
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / P-body / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cao, C.Y. / Liu, Y.P. / Lan, W.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-specific and specific interactions work cooperatively to promote cytidine deamination catalyzed by APOBEC3
著者: Liu, Y.P. / Lan, W.X. / Wang, C.X. / Cao, C.Y.
履歴
登録2020年9月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2496
ポリマ－52,1184
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6720 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area24130 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3A / A3A / Phorbolin-1


分子量: 23049.896 Da / 分子数: 2 / 変異: L262N, C263S, E271Q, C370Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P31941, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3009.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic13D 1H-15N TOCSY
181isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic12D 1H-13C HSQC
1102isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic22D filter TOCSY
1142isotropic22D filter NOESY
1151isotropic23D 15N-filter-edit NOESY
1162isotropic23D 13C-filter-edit NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution125 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 50 uM Zinc chloride, 5 mM DTT, 0.28 mM [U-13C; U-15N] A3A, 0.56 mM DNA, 90% H2O/10% D2Olow concentration of complex to prevent aggregationA3A_complex90% H2O/10% D2O
solution225 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 50 uM Zinc chloride, 5 mM DTT, 0.28 mM [U-13C; U-15N] A3A, 0.56 mM DNA, 100% D2Olow concentration of complex to prevent aggregationA3A_complex100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
50 uMZinc chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.28 mMA3A[U-13C; U-15N]1
0.56 mMDNAnatural abundance1
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
50 uMZinc chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
0.28 mMA3A[U-13C; U-15N]2
0.56 mMDNAnatural abundance2
試料状態イオン強度: 375 mM / Label: 1 / pH: 7.3 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Agilent DD2AgilentDD28002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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