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- PDB-7d3t: Crystal structure of OSPHR2 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d3t
タイトルCrystal structure of OSPHR2 in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')
  • Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2 / MYB / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
MYB-CC type transcription factor, LHEQLE-containing domain / MYB-CC type transfactor, LHEQLE motif / Myb domain, plants / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. indica (イネ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Guan, Z.Y. / Zhang, Z.F. / Liu, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into the regulation of plant phosphate homeostasis by the rice SPX2 - PHR2 complex.
著者: Guan, Z. / Zhang, Q. / Zhang, Z. / Zuo, J. / Chen, J. / Liu, R. / Savarin, J. / Broger, L. / Cheng, P. / Wang, Q. / Pei, K. / Zhang, D. / Zou, T. / Yan, J. / Yin, P. / Hothorn, M. / Liu, Z.
履歴
登録2020年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
B: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
D: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,4838
ポリマ－83,4838
非ポリマー00
水1629
1
A: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
B: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
E: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7424
ポリマ－41,7424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
2
C: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
D: Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2
G: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7424
ポリマ－41,7424
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.414, 100.824, 79.351
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.456, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Protein PHOSPHATE STARVATION RESPONSE 2 / OsPHR2


分子量: 15972.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. indica (イネ) / 遺伝子: PHR2, OsI_25821 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8B5N8
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*TP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 4938.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 4858.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate / PH範囲: 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97854 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97854 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→49 Å / Num. obs: 45458 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 66.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 11093 / CC1/2: 0.704 / Rpim(I) all: 0.691

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KVO

6kvo


解像度: 2.7→49 Å / SU ML: 0.4526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.5212
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 2289 5.04 %
Rwork0.2128 43169 -
obs0.2151 45458 94.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1971 1309 0 9 3289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01133480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37654963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058551
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.507898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.45671240.4232666X-RAY DIFFRACTION92.91
2.75-2.820.44931610.41852748X-RAY DIFFRACTION96.26
2.82-2.890.47141480.40382725X-RAY DIFFRACTION96.15
2.89-2.970.37621700.37012728X-RAY DIFFRACTION96.5
2.97-3.050.32781700.32152699X-RAY DIFFRACTION94.84
3.05-3.150.38021180.31012630X-RAY DIFFRACTION93.03
3.15-3.270.33091430.28042643X-RAY DIFFRACTION92.74
3.27-3.40.26981390.25862666X-RAY DIFFRACTION93.03
3.4-3.550.32681590.22972614X-RAY DIFFRACTION93.87
3.55-3.740.26291510.20152777X-RAY DIFFRACTION96.57
3.74-3.970.2931270.19662724X-RAY DIFFRACTION95.86
3.97-4.280.24931320.182706X-RAY DIFFRACTION95.08
4.28-4.710.22331300.16942744X-RAY DIFFRACTION96.31
4.71-5.390.20571570.16652733X-RAY DIFFRACTION95.38
5.39-6.790.20371320.19072675X-RAY DIFFRACTION94.01
6.79-490.15441280.14692691X-RAY DIFFRACTION93.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.0780878216 Å / Origin y: 31.198219914 Å / Origin z: 22.4408595758 Å
111213212223313233
T0.725098365684 Å20.0331348850754 Å20.126079846283 Å2-0.305352302769 Å2-0.0522019915559 Å2--0.6280846452 Å2
L1.15751767339 °20.292958640762 °2-0.397715606798 °2-1.36342696226 °2-0.34102894403 °2--1.41184860046 °2
S-0.124797586715 Å °0.171275504512 Å °-0.0271082800572 Å °-0.368383500188 Å °0.0807956650535 Å °0.169845779166 Å °0.121859020482 Å °-0.10602566561 Å °0.0906742938959 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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