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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d37 | ||||||
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タイトル | Solution structure of Acm2-precursor peptide of Heat-stable enterotoxin produced by Enterotoxigenic Escherichia coli | ||||||
要素 | CYS-CY1-GLU-LEU-CYS-CYS-ASN-PRO-ALA-CY1-THR-GLY-CYS | ||||||
キーワード | TOXIN / Heat-stable enterotoxin / topological isomer / STh / STh(6-18) | ||||||
機能・相同性 | Heat-stable enterotoxin, STa / Heat-stable enterotoxin, conserved site / Heat-stable enterotoxin ST / Heat-stable enterotoxins signature. / toxin activity / extracellular space / Heat-stable enterotoxin A3/A4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Shimamoto, S. / Hidaka, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2020 タイトル: Topological Regulation of the Bioactive Conformation of a Disulfide-Rich Peptide, Heat-Stable Enterotoxin. 著者: Shimamoto, S. / Fukutsuji, M. / Osumi, T. / Goto, M. / Toyoda, H. / Hidaka, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d37.cif.gz | 35.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d37.ent.gz | 26.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d37.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d37_validation.pdf.gz | 368.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d37_full_validation.pdf.gz | 404.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7d37_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d37_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/7d37 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7cssC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1461.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07965*PLUS |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 1 mM / Label: conditions_1 / pH: 3.0 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: JEOL JNM ECA800 / 製造業者: JEOL / モデル: JNM ECA800 / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software | 名称: CNS / 開発者: Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read / 分類: structure calculation |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 |
代表構造 | 選択基準: lowest energy |
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |