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- PDB-7d2o: Solution structure of Gaussia Luciferase by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2o
タイトルSolution structure of Gaussia Luciferase by NMR
要素Luciferase
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Luciferase
機能・相同性Luciferase
機能・相同性情報
生物種Gaussia princeps (T. Scott
1894)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kobayashi, N. / Wu, N. / Kuroda, Y. / Yamazaki, T.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Solution structure of Gaussia Luciferase with five disulfide bonds and identification of a putative coelenterazine binding cavity by heteronuclear NMR.
著者: Wu, N. / Kobayashi, N. / Tsuda, K. / Unzai, S. / Saotome, T. / Kuroda, Y. / Yamazaki, T.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8521
ポリマ－18,8521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Luciferase / GLuc


分子量: 18851.838 Da / 分子数: 1 / 変異: E117A, G120R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gaussia princeps (T. Scott, 1894) / 株: T. Scott, 1894 / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BLZ2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 200 uM [U-13C; U-15N] Gluc, 50 mM MES, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: Gluc / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 uMGluc[U-13C; U-15N]1
50 mMMESnatural abundance1
2 mMsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: Gluc / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5Bruker Biospincollection
MagRO-NMRView2.01.33Kobayashi, N.peak picking
MagRO-NMRView2.01.33Kobayashi, N.chemical shift assignment
NMRPipe2017Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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