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- PDB-7d2m: Crystal structure of MazF (Form-II) from Deinococcus radiodurans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2m
タイトルCrystal structure of MazF (Form-II) from Deinococcus radiodurans
要素Endoribonuclease MazF
キーワードTOXIN / MazEF toxin system / endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / Endoribonuclease MazF / PpGpp-regulated growth inhibitor ChpA/MazF, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Dhanasingh, I. / Lee, S.H.
引用ジャーナル: J.Microbiol / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of Deinococcus radiodurans R1 MazEF toxin-antitoxin system, Dr0416-Dr0417.
著者: Dhanasingh, I. / Choi, E. / Lee, J. / Lee, S.H. / Hwang, J.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Endoribonuclease MazF
C: Endoribonuclease MazF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3815
ポリマ－24,9302
非ポリマー4503
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area9860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.451, 72.451, 112.517
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-459-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF


分子量: 12465.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: mazF, HAV23_04965, HAV35_11860 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6G9BVQ8, UniProt: Q9RX98*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Lithium Sulfate monohydrate, Tris HCl pH 8.5 and 30% PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→23 Å / Num. obs: 28465 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.186 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.8-1.8317.90.40713560.9420.0940.4180.81499.1
1.83-1.8618.10.39314250.9460.0910.4040.8299.7
1.86-1.918.10.37513850.9560.0860.3860.91699.6
1.9-1.9418.70.35513870.9490.080.3651.05699.7
1.94-1.9819.20.33314020.9660.0730.3411.07899.2
1.98-2.0319.50.31913910.9630.070.3271.16699.4
2.03-2.08200.30514180.9610.0660.3121.17199.6
2.08-2.1320.10.29814110.9710.0640.3051.20899.3
2.13-2.220.50.28213930.9750.060.2881.2399.8
2.2-2.2720.20.27814130.9790.0590.2841.26199.2
2.27-2.3520.10.25814030.9770.0550.2641.18999.1
2.35-2.4420.30.2513990.9810.0520.2561.18699.1
2.44-2.5520.40.23914200.9820.0490.2441.14999.7
2.55-2.6920.50.2314310.9850.0480.2351.1299.3
2.69-2.8620.90.21814130.9910.0440.2221.0598.7
2.86-3.0821.20.20314340.9880.0420.2071.00799.4
3.08-3.3822.40.18114490.9890.0370.1850.86299.9
3.38-3.87230.15914680.9920.0330.1630.75499.9
3.87-4.8722.30.1314900.9940.0280.1330.53999.3
4.87-2320.80.09715770.9920.0220.10.32998.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D28

7d28


解像度: 1.79→22.91 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1805 1422 5.06 %
Rwork0.1564 26691 -
obs0.1576 28113 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.37 Å2 / Biso mean: 21.5414 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→22.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1666 0 23 336 2025
Biso mean--45.34 35.6 -
残基数----223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.79-1.850.24191270.1848232486
1.85-1.930.18111490.1607260898
1.93-2.020.15841300.1523265898
2.02-2.120.17711420.1537267099
2.12-2.260.19071520.1479266199
2.26-2.430.18031150.1575269898
2.43-2.670.20131430.167271199
2.67-3.060.20051580.1621270699
3.06-3.850.15841560.14982778100
3.85-100.1731500.1534287797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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