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- PDB-7d2h: Tetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d2h
タイトルTetrameric coiled-coil structure of liprin-alpha2_H2
要素Liprin-alpha-2
キーワードPROTEIN BINDING / Coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / postsynaptic specialization / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle ...structural constituent of presynapse / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / dense core granule cytoskeletal transport / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / postsynaptic specialization / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine development / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / regulation of dendritic spine morphogenesis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / presynaptic active zone / cell-matrix adhesion / synapse organization / synaptic vesicle / presynaptic membrane / dendritic spine / axon / glutamatergic synapse / cell surface / extracellular exosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liprin-alpha, SAM domain repeat 1 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 2 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 3 / LAR-interacting protein, Liprin / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liang, M. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971131 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770791 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Oligomerized liprin-alpha promotes phase separation of ELKS for compartmentalization of presynaptic active zone proteins.
著者: Liang, M. / Jin, G. / Xie, X. / Zhang, W. / Li, K. / Niu, F. / Yu, C. / Wei, Z.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Liprin-alpha-2
B: Liprin-alpha-2
C: Liprin-alpha-2
D: Liprin-alpha-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4955
ポリマ－30,4034
非ポリマー921
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.879, 101.907, 37.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.410, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Liprin-alpha-2 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF- ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-2 / PTPRF-interacting protein alpha-2


分子量: 7600.626 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 102-163 / 変異: C143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPFIA2 / プラスミド: pET32m / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O75334
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% v/v 2-Propanol, 0.1 M Tris pH 8.0, 5% w/v Polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 11895 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.845 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 43572
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.60.8475990.7530.4830.981.40994.3
2.24-2.283.70.7695920.6670.4340.8861.51294.7
2.28-2.323.60.7875840.780.4450.9081.35293.1
2.32-2.373.60.4656180.9170.2660.5381.36694.9
2.37-2.423.70.5095860.8820.290.5881.47594.2
2.42-2.483.70.3685960.9220.2050.4231.44594.3
2.48-2.543.50.3486160.9520.1990.4031.47793.5
2.54-2.613.70.3675930.9550.2050.4221.50894.4
2.61-2.693.70.3265910.9340.1820.3751.43692.1
2.69-2.773.70.2286110.9720.1280.2631.63395
2.77-2.873.70.1945670.9780.1080.2231.81792.3
2.87-2.993.60.1546120.9880.0850.1771.99695
2.99-3.123.60.1326000.9890.0730.1511.89793
3.12-3.293.70.1085940.9920.0590.1241.98694.6
3.29-3.493.60.0865940.9940.0470.0992.10392.7
3.49-3.763.50.0676010.9960.0370.0772.39992.7
3.76-4.143.60.0495950.9970.0270.0562.49292
4.14-4.743.80.0425840.9970.0240.0492.50191.2
4.74-5.973.90.0445820.9980.0240.052.3891.9
5.97-503.70.0425800.9980.0230.0482.69887.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D2G

7d2g


解像度: 2.2→30.051 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 532 4.61 %
Rwork0.2288 11007 -
obs0.2313 11539 92.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.11 Å2 / Biso mean: 73.6322 Å2 / Biso min: 31.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→30.051 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1837 0 6 10 1853
Biso mean--70.17 69.41 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0011857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3422479
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.015292
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.729739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.42130.40831230.343274894
2.4213-2.77150.3681450.2903278593
2.7715-3.4910.2811380.2615273893
3.491-30.0510.24091260.1806273691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.14653.22667.02342.99033.69467.905-0.00870.1482-0.0571-0.54510.07510.1216-0.13740.298-0.16730.4513-0.02960.08810.43630.05720.39481.528728.5509-0.2885
23.69442.22754.44132.66012.54733.95720.67070.028-0.62950.1641-0.0631-0.1931.0045-0.0968-0.54050.65670.0432-0.17560.4441-0.03870.64452.390221.77314.0047
34.12512.19394.34523.62092.90345.2642-0.31380.10280.34450.4608-0.1541-0.3809-0.3065-0.07170.18870.45590.0137-0.06830.39430.00940.590426.357338.549334.217
46.28472.20576.31152.43822.29467.3416-0.6774-0.17670.74470.1599-0.218-0.1144-0.9485-0.26640.54720.76570.0707-0.23830.4459-0.120.723218.894943.198632.1341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A99 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B101 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'C100 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'D101 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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