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- PDB-5dol: Crystal structure of YabA amino-terminal domain from Bacillus subtilis -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dol | ||||||
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Title | Crystal structure of YabA amino-terminal domain from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | Initiation-control protein YabA | ||||||
![]() | REPLICATION / YabA / DnaA / DnaN / Zinc finger / initiation control | ||||||
Function / homology | Initiation control protein YabA / Initiation control protein YabA / DNA replication / identical protein binding / Initiation-control protein YabA![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cherrier, M.V. / Bazin, A. / Jameson, K.H. / Wilkinson, A.J. / Noirot-Gros, M.F. / Terradot, L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Tetramerization and interdomain flexibility of the replication initiation controller YabA enables simultaneous binding to multiple partners. Authors: Felicori, L. / Jameson, K.H. / Roblin, P. / Fogg, M.J. / Garcia-Garcia, T. / Ventroux, M. / Cherrier, M.V. / Bazin, A. / Noirot, P. / Wilkinson, A.J. / Molina, F. / Terradot, L. / Noirot-Gros, M.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 68.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 51.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 428 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 429.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 6.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Symmetry | Point symmetry: (Schoenflies symbol: C2 (2 fold cyclic)) |
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Components
#1: Protein | Mass: 7501.492 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-62 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Amino-terminal domain of the protein (residus 1-62) Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: yabA, BSU00330 / Plasmid: PET151/D-TOPO / Production host: ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.34 Å3/Da / Density % sol: 71.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 20% PEG 3350 (W/V), 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 200 mM potassium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 1, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93222 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 21.2 % / Number: 45757 / Rsym value: 0.141 / D res high: 4.002 Å / D res low: 71.908 Å / Num. obs: 2157 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.7→36.1 Å / Num. obs: 7306 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 90.05 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 0.991 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 17.98 / Num. measured all: 51889 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing |
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Phasing MR |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 249.42 Å2 / Biso mean: 125.3684 Å2 / Biso min: 42.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.7→36.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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