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- PDB-7d0m: Crystal structure of mouse CRY1 with bound cryoprotectant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d0m
タイトルCrystal structure of mouse CRY1 with bound cryoprotectant
要素Cryptochrome-1
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRY / CRY1 / cryptochrome / PHR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / regulation of DNA damage checkpoint / lipid storage / response to glucagon / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of gluconeogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / E-box binding ...negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / negative regulation of circadian rhythm / regulation of DNA damage checkpoint / lipid storage / response to glucagon / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of gluconeogenesis / entrainment of circadian clock by photoperiod / E-box binding / response to light stimulus / photoreceptor activity / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of gluconeogenesis / phosphatase binding / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of protein ubiquitination / nuclear receptor binding / response to activity / gluconeogenesis / response to insulin / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / kinase binding / histone deacetylase binding / circadian rhythm / glucose homeostasis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / nucleotide binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily ...DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Miller, S.A. / Aikawa, Y. / Hirota, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR14LA 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05590 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation.
著者: Miller, S. / Srivastava, A. / Nagai, Y. / Aikawa, Y. / Tama, F. / Hirota, T.
履歴
登録2020年9月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6723
ポリマ－57,3721
非ポリマー3002
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The protein is monomeric in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area21440 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)45.057, 77.507, 134.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Cryptochrome-1


分子量: 57371.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cry1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P97784
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M NH4Cl, 22% w/v PEG 3350, 3% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→67.25 Å / Num. obs: 35031 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 14.94 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 5000 / CC1/2: 0.908 / Rpim(I) all: 0.22 / Rrim(I) all: 0.544 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
REFMAC5.8.0257精密化
xia20.6.467データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
Coot0.9モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KX4

6kx4


解像度: 1.95→67.25 Å / SU ML: 0.1769 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.7862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 1789 5.13 %
Rwork0.177 33072 -
obs0.1787 34861 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→67.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3875 0 20 445 4340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00454006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70745456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046702
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.197554
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.23611350.20522413X-RAY DIFFRACTION97.21
2-2.060.23771350.19372505X-RAY DIFFRACTION98.54
2.06-2.130.24951190.18562512X-RAY DIFFRACTION98.5
2.13-2.20.22171390.17852465X-RAY DIFFRACTION98.38
2.2-2.290.23321430.17952521X-RAY DIFFRACTION98.7
2.29-2.390.23151180.18212520X-RAY DIFFRACTION98.47
2.4-2.520.23961430.18882512X-RAY DIFFRACTION98.66
2.52-2.680.24431340.192549X-RAY DIFFRACTION99.37
2.68-2.890.20421460.19562552X-RAY DIFFRACTION99.48
2.89-3.180.26861520.19262550X-RAY DIFFRACTION99.7
3.18-3.640.17741400.16852586X-RAY DIFFRACTION99.82
3.64-4.580.15691500.14182633X-RAY DIFFRACTION99.75
4.58-67.250.18761350.16982754X-RAY DIFFRACTION99.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.351422647013-0.0110281830116-0.1159281158940.854443924114-0.2142349811540.8767122765250.00728928004464-0.0134477591104-0.01997721693110.0736247778375-0.006388961499880.009922845477870.0340930153585-0.03269344106660.004346564171330.0548380568299-0.0105749653104-0.006968316306230.08455087751920.0002249052761790.0672083606899-3.705259614298.51912620214-13.650123439
20.398732096410.1428668870170.2010352957030.4459532133170.1449217683390.6347029448020.01208568336070.0582546637852-0.00358969637771-0.05729467372090.000381981894304-0.00920471944768-0.0272557687287-0.0279607719614-0.02677635700360.05829472505670.01252944241840.001456728587610.06863072957280.006646943121290.0677066384926-6.41233635517.4399778825-38.9690888462
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 261 )2 - 2611 - 260
22chain 'A' and (resid 262 through 495 )262 - 495261 - 494

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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