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万見
- PDB-7d0e: Crystal structure of FIP200 Claw/p-CCPG1 FIR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d0e
タイトルCrystal structure of FIP200 Claw/p-CCPG1 FIR2
要素
  • Cell cycle progression protein 1 FIR2
  • RB1-inducible coiled-coil protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / autophagy / FIP200 / CCPG1 / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of protein lipidation / ribophagy / glycophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy ...regulation of Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of protein lipidation / ribophagy / glycophagy / Atg1/ULK1 kinase complex / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome membrane / positive regulation of cell size / autophagosome assembly / positive regulation of autophagy / positive regulation of cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / liver development / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / autophagy / heart development / nuclear membrane / membrane => GO:0016020 / molecular adaptor activity / lysosome / positive regulation of protein phosphorylation / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cell cycle progression protein 1 / Autophagy-related protein 11, C-terminal / Autophagy-related protein 11 / Autophagy-related protein 11
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GO9 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RB1-inducible coiled-coil protein 1 / Cell cycle progression protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Zhou, Z.X. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470749 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21621002 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Phosphorylation regulates the binding of autophagy receptors to FIP200 Claw domain for selective autophagy initiation.
著者: Zhou, Z. / Liu, J. / Fu, T. / Wu, P. / Peng, C. / Gong, X. / Wang, Y. / Zhang, M. / Li, Y. / Wang, Y. / Xu, X. / Li, M. / Pan, L.
履歴
登録2020年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: Cell cycle progression protein 1 FIR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9554
ポリマ－13,5362
非ポリマー4182
水1,71195
1
A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: Cell cycle progression protein 1 FIR2
ヘテロ分子

A: RB1-inducible coiled-coil protein 1
B: Cell cycle progression protein 1 FIR2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9108
ポリマ－27,0734
非ポリマー8374
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.438, 51.438, 86.151
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1770-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RB1-inducible coiled-coil protein 1 / FAK family kinase-interacting protein of 200 kDa / FIP200


分子量: 12039.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1, KIAA0203, RBICC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#2: タンパク質・ペプチド Cell cycle progression protein 1 FIR2


分子量: 1496.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCPG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ULG6
#3: 化合物 ChemComp-GO9 / 3-(2-hydroxyethyloxy)-2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxymethyl]-2-(2-hydroxyethyloxymethyl)propan-1-ol


分子量: 312.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C13H28O8
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KCl, Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97876 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 23548 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 12.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 98.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / Num. unique obs: 1143 / Rpim(I) all: 0.174

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DCE

6dce


解像度: 1.4→25.07 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 1151 4.91 %
Rwork0.1869 --
obs-23439 99.65 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→25.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 28 95 1003
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01581026
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48121401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1087156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.2422429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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