ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0258精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Y7U 解像度: 2.9→30.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 17.784 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2764 | 1531 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1874 | - | - | - |
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obs | 0.1918 | 29334 | 92.34 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 168.38 Å2 / Biso mean: 74.41 Å2 / Biso min: 30 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 2.13 Å2 | 1.06 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | 2.13 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | -6.89 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→30.81 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 7739 | 0 | 288 | 20 | 8047 |
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Biso mean | - | - | 81.41 | 40.5 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 986 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.008 | 0.013 | 8150 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 7721 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.737 | 1.654 | 11021 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.224 | 1.58 | 17932 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg7.409 | 5 | 980 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg35.627 | 21.36 | 397 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg19.738 | 15 | 1468 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg20.796 | 15 | 54 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.069 | 0.2 | 1112 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.007 | 0.02 | 8816 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.002 | 0.02 | 1644 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.891→2.966 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.432 | 103 | - |
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Rwork | 0.308 | 2199 | - |
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all | - | 2302 | - |
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obs | - | - | 92.19 % |
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