PDB-7c0e: Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarab...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c0e

タイトル

Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase (2-oxobutyrate-bound form)

要素

L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

キーワード

LYASE / L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Azospirillum brasilense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.204 Å

データ登録者

Watanabe, Y. / Ono, A. / Watanabe, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of l-2-Keto-3-deoxyarabinonate Dehydratase: A Unique Catalytic Mechanism in the Class I Aldolase Protein Superfamily.
著者: Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Ono, A.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c0e.cif.gz	692.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c0e.ent.gz	575.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c0e_validation.pdf.gz	540.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c0e_full_validation.pdf.gz	593.6 KB	表示
XML形式データ	7c0e_validation.xml.gz	132.5 KB	表示
CIF形式データ	7c0e_validation.cif.gz	183.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c0cSC 7c0dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fkk-2 7c0d-2 7c0c-1 7c0c-2 7c0c-3 7c0d-3 7c0d-1 7cz3-d 4nzr-d 5to1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

B: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

C: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

D: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

E: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

F: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

G: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

H: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

I: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

J: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

K: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

L: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

422 kDa, 12 ポリマー
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1

A: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

B: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

C: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

D: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
141 kDa, 4 ポリマー
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2

E: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

F: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

G: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

H: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
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3

I: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

J: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

K: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

L: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
141 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.524, 81.198, 142.835
Angle α, β, γ (deg.)	85.710, 88.430, 75.390
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase / L-KDA dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / L-2-keto-3-deoxyarabinonate dehydratase 分子量: 35152.902 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア) 遺伝子: araD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q1JUQ0, 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	溶媒含有率: 37.57 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 22-27% PEG 3350 PH範囲: 8.3-8.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→47.954 Å / Num. obs: 160387 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 2.266 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_rim(I) all: 0.166 / Χ²: 1.146 / Net I/σ(I): 5.54 / Num. measured all: 709648

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.34	2.22	0.693	1.16	111033	52870	50018	0.529	0.902	94.6
2.34-2.5	2.279	0.502	1.63	108090	49424	47434	0.689	0.652	96
2.5-2.7	2.311	0.365	2.3	102423	46196	44317	0.806	0.474	95.9
2.7-2.95	2.198	0.249	3.23	89605	42464	40760	0.898	0.325	96
2.95-3.3	2.336	0.154	5.34	86216	38390	36900	0.958	0.2	96.1
3.3-3.81	2.227	0.089	8.87	72939	33860	32756	0.984	0.116	96.7
3.81-4.66	2.317	0.062	13.08	64215	28670	27710	0.991	0.081	96.7
4.66-6.56	2.233	0.06	13.2	47725	22164	21369	0.992	0.078	96.4
6.56-47.954	2.297	0.039	19.52	27402	12404	11932	0.997	0.051	96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7C0C

7c0c

解像度: 2.204→47.954 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2691	8082	5.04 %
R_work	0.221	152305	-
obs	0.2235	160387	98.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.03 Å² / B_iso mean: 35.5377 Å² / B_iso min: 12.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.204→47.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27979	0	0	1132	29111
B_iso mean	-	-	-	33.92	-
残基数	-	-	-	-	3637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	28619
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.621	38938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	4344
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.724	17249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.204-2.2288	0.3562	251	0.2946	4816	94
2.2288-2.255	0.3619	244	0.2866	5103	97
2.255-2.2825	0.3362	242	0.2806	5032	98
2.2825-2.3114	0.3371	243	0.2718	5132	98
2.3114-2.3418	0.331	290	0.2669	4993	98
2.3418-2.3739	0.3184	255	0.2688	5029	98
2.3739-2.4078	0.352	256	0.2619	5129	98
2.4078-2.4438	0.2776	270	0.2502	5005	98
2.4438-2.482	0.2981	258	0.2475	5101	98
2.482-2.5227	0.316	255	0.2438	5022	98
2.5227-2.5661	0.3067	290	0.2451	5127	98
2.5661-2.6128	0.3112	288	0.2445	5010	98
2.6128-2.6631	0.291	264	0.2501	5060	98
2.6631-2.7174	0.3281	277	0.243	5071	98
2.7174-2.7765	0.2847	264	0.2409	5098	98
2.7765-2.8411	0.3055	273	0.2377	5037	98
2.8411-2.9121	0.3217	257	0.2358	5162	99
2.9121-2.9908	0.2807	277	0.2342	5086	99
2.9908-3.0788	0.3005	321	0.2312	5030	99
3.0788-3.1782	0.2665	280	0.2245	5068	99
3.1782-3.2918	0.2787	256	0.2217	5092	99
3.2918-3.4235	0.2647	296	0.2123	5128	99
3.4235-3.5793	0.2571	287	0.2071	5082	99
3.5793-3.7679	0.2368	265	0.1964	5096	99
3.7679-4.0039	0.2632	234	0.2	5160	99
4.0039-4.3128	0.2446	273	0.1944	5152	99
4.3128-4.7465	0.2271	275	0.1925	5112	99
4.7465-5.4325	0.245	273	0.2059	5129	99
5.4325-6.8412	0.2319	280	0.2119	5139	100
6.8412-47.954	0.1981	288	0.1854	5104	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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