[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7c0c: Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarab... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7c0c | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Azospirillum brasilense L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase (apo form) | ||||||
Components | L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / protein homodimerization activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Azospirillum brasilense (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Watanabe, S. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2020 Title: Biochemical and Structural Characterization of l-2-Keto-3-deoxyarabinonate Dehydratase: A Unique Catalytic Mechanism in the Class I Aldolase Protein Superfamily. Authors: Watanabe, S. / Watanabe, Y. / Nobuchi, R. / Ono, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7c0c.cif.gz | 709.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7c0c.ent.gz | 585.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7c0c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7c0c_validation.pdf.gz | 543.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7c0c_full_validation.pdf.gz | 605.1 KB | Display | |
Data in XML | 7c0c_validation.xml.gz | 139.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7c0c_validation.cif.gz | 197.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/7c0c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7c0dC 7c0eC 3fkkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 35069.836 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Azospirillum brasilense (bacteria) / Gene: araD / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q1JUQ0, 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.81 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, 22% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 5, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 253500 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.086 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 2.53 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3FKK Resolution: 1.9→40.44 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 33.75
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.6 Å2 / Biso mean: 31.624 Å2 / Biso min: 9.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→40.44 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|