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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cyv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FD20, a neutralizing single-chain variable fragment (scFv) in complex with SARS-CoV-2 Spike receptor-binding domain (RBD) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / coronavirus / Covid-19 / nCoV-2019 / neutralizing antibody / receptor-binding domain / SARS-CoV-2 / scFv / single-chain variable fragment / Spike | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Li, Y. / Li, T. / Lai, Y. / Cai, H. / Yao, H. / Li, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2021 タイトル: Uncovering a conserved vulnerability site in SARS-CoV-2 by a human antibody. 著者: Li, T. / Cai, H. / Zhao, Y. / Li, Y. / Lai, Y. / Yao, H. / Liu, L.D. / Sun, Z. / van Vlissingen, M.F. / Kuiken, T. / GeurtsvanKessel, C.H. / Zhang, N. / Zhou, B. / Lu, L. / Gong, Y. / Qin, W. ...著者: Li, T. / Cai, H. / Zhao, Y. / Li, Y. / Lai, Y. / Yao, H. / Liu, L.D. / Sun, Z. / van Vlissingen, M.F. / Kuiken, T. / GeurtsvanKessel, C.H. / Zhang, N. / Zhou, B. / Lu, L. / Gong, Y. / Qin, W. / Mondal, M. / Duan, B. / Xu, S. / Richard, A.S. / Raoul, H. / Chen, J. / Xu, C. / Wu, L. / Zhou, H. / Huang, Z. / Zhang, X. / Li, J. / Wang, Y. / Bi, Y. / Rockx, B. / Chen, J. / Meng, F.L. / Lavillette, D. / Li, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cyv.cif.gz | 107.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cyv.ent.gz | 65.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cyv_validation.pdf.gz | 812.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cyv_full_validation.pdf.gz | 819.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7cyv_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cyv_validation.cif.gz | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/7cyv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 29613.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of tag (GSSS), heavy chain variable region of the scFv FD20 (residues 0-125), linker (GGGSGGGGSGGGGSS), light chain variable region of the scFv FD20 (residues 1002-1129), and tag (HHHHHH) 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23827.623 Da / 分子数: 1 / Fragment: receptor-binding domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2 |
#3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 878.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→46.43 Å / Num. obs: 9847 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 65.25 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.2724 / Rpim(I) all: 0.1322 / Net I/σ(I): 5.65 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.24 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.125 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 927 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.5387 / % possible all: 94.68 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6MOJ, 5C6W 解像度: 3.13→46.43 Å / SU ML: 0.5228 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1232 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.91 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.13→46.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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