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- PDB-7cy1: Crystal Structure of MglC from Myxococcus xanthus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cy1
タイトルCrystal Structure of MglC from Myxococcus xanthus
要素Mutual gliding motility protein C
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Roadblock/LC7 domain
機能・相同性Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / GTPase
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Thakur, K.G. / Kapoor, S. / Kodesia, A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of Myxococcus xanthus MglC, a component of the polarity control system, and its interactions with its paralog MglB.
著者: Kapoor, S. / Kodesia, A. / Kalidas, N. / Thakur, K.G.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutual gliding motility protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1582
ポリマ－13,1351
非ポリマー231
水72140
1
A: Mutual gliding motility protein C
ヘテロ分子

A: Mutual gliding motility protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3164
ポリマ－26,2702
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/31
Buried area1830 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.910, 96.910, 58.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Mutual gliding motility protein C


分子量: 13134.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
株: DK 1622 / 遺伝子: MXAN_5770 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D0B6
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.82 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8 M Sodium Acetate Trihydrate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日 / 詳細: LN2 closed loop cooling
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→27.98 Å / Num. obs: 8534 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 18.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 26.1 / Num. measured all: 154682 / Scaling rejects: 292
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.19-2.2615.80.959111597080.8853.997.2
9.04-27.9813.70.0252076151169.595.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLM7.2.2データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CT3

7ct3


解像度: 2.19→27.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.911 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 465 5.5 %RANDOM
Rwork0.1882 ---
obs0.1904 8065 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 142.17 Å2 / Biso mean: 46.966 Å2 / Biso min: 28.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å2-0.27 Å2-0 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数921 0 1 40 962
Biso mean--45.21 55.32 -
残基数----120
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.013934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.631266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3291.5732039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.65119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11922.55347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.92215160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.189156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02194
LS精密化 シェル解像度: 2.192→2.249 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 35 -
Rwork0.311 565 -
all-600 -
obs--95.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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