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万見
- PDB-7cxy: Structural insights into novel mechanisms of inhibition of the ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cxy
タイトルStructural insights into novel mechanisms of inhibition of the major b-carbonic anhydrase CafB from the pathogenic fungus Aspergillus fumigatus (zinc-bound form)
要素Carbonic anhydrase
キーワードLYASE / b-class carbonic anhydrase / Zinc metalloenzyme / CafB / Aspergillus fumigatus / oxidative inhibition / zinc-free inactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbon dioxide / carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prokaryotic-type carbonic anhydrases signature 1. / Carbonic anhydrase, prokaryotic-like, conserved site / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Jin, M.S. / Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. / Kim, N.J. / Hong, S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2017M3A9F6029753 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063908 韓国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Structural insights into novel mechanisms of inhibition of the major beta-carbonic anhydrase CafB from the pathogenic fungus Aspergillus fumigatus.
著者: Kim, S. / Yeon, J. / Sung, J. / Kim, N.J. / Hong, S. / Jin, M.S.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase
B: Carbonic anhydrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1284
ポリマ－51,9972
非ポリマー1312
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.862, 119.862, 67.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 16 - 221 / Label seq-ID: 16 - 221

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Carbonic anhydrase / Carbonate dehydratase


分子量: 25998.557 Da / 分子数: 2 / 変異: Y159A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_8G06550 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4DA32, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4-5 1.7-2.0 M sodium chloride 10 mM Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP)

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 28654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.27 / Χ2: 1.169 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 347292
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.288.41.46928230.7530.5191.5610.585100
2.28-2.379.71.25828450.8230.4121.3260.51999.9
2.37-2.4811.61.14128310.9150.3461.1930.649100
2.48-2.6112.51.03828470.9390.3031.0820.564100
2.61-2.7712.80.74828310.9640.2160.7790.589100
2.77-2.9913.20.46428530.9720.1320.4830.61599.9
2.99-3.2913.70.28828500.990.080.2990.766100
3.29-3.7612.80.16528870.9930.0470.1721.103100
3.76-4.7413.80.11628870.9940.0320.122.02100
4.74-5012.60.130000.9920.0290.1043.704100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O1K

4o1k


解像度: 2.2→44.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.924 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 1409 4.9 %RANDOM
Rwork0.1837 ---
obs0.1858 27227 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.26 Å2 / Biso mean: 43.963 Å2 / Biso min: 9.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20.4 Å20 Å2
2--0.8 Å2-0 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3396 0 2 136 3534
Biso mean--30.91 42.27 -
残基数----421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6791.6414710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3121.5747413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.395419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00821.762210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.10315593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3551530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02760
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6356 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 112 -
Rwork0.269 1992 -
all-2104 -
obs--99.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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