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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cxu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CmnK in complex with NAD+ | ||||||
要素 | CmnK | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / CmnB / Lyase / capreomycin | ||||||
機能・相同性 | Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / CmnK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Saccharothrix mutabilis subsp. capreolus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C.Y. / Hsu, S.H. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021 タイトル: Characterization of Enzymes Catalyzing the Formation of the Nonproteinogenic Amino Acid l-Dap in Capreomycin Biosynthesis. 著者: Hsu, S.H. / Zhang, S. / Huang, S.C. / Wu, T.K. / Xu, Z. / Chang, C.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cxu.cif.gz | 135.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7cxu.ent.gz | 103.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cxu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7cxu_validation.pdf.gz | 739.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7cxu_full_validation.pdf.gz | 744.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7cxu_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7cxu_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37209.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharothrix mutabilis subsp. capreolus (バクテリア) 遺伝子: cmnK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6YEI2 #2: 化合物 | ChemComp-NAD / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 mM MgCl2.6H2O, 30% w/v PEG-550, and 100 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 0.9732 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9732 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→30 Å / Num. obs: 34342 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 14.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.25 Å / Num. unique obs: 3300 / CC1/2: 0.83 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CXS 解像度: 2.19→28.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 6.018 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.44 Å2 / Biso mean: 33.404 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→28.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.19→2.243 Å / Rfactor Rfree error: 0
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