[日本語] English
万見
- PDB-7cxt: Crystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cxt
タイトルCrystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase from C.jejuni
要素GDP-L-fucose synthaseGDP-L-フコースシンターゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Campylobacter jejuni C4 reductase GDP-6-OMe-4-keto-L-Xylo-heptose
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-L-フコースシンターゼ / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity
類似検索 - 分子機能
GDP-L-fucose synthase/GDP-L-colitose synthase / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / GDP-L-フコースシンターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kim, J.H. / Kim, J.S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase from Campylobacter jejuni.
著者: Kim, J.H. / Hofmann, A. / Kim, J.S.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GDP-L-fucose synthase
B: GDP-L-fucose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6844
ポリマ－79,1932
非ポリマー1,4912
水9,800544
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.328, 120.148, 58.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 GDP-L-fucose synthase / GDP-L-フコースシンターゼ / GDP-4-keto-6-deoxy-D-mannose-3 / 5-epimerase-4-reductase


分子量: 39596.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (カンピロバクター)
株: ATCC 700819 / NCTC 11168 / 遺伝子: fcl, Cj1428c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0P8I6, GDP-L-フコースシンターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate trihydrate pH 5.6, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 mM beta-mercaptoethanol, 1mM nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.979415 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979415 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 49505 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.647 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 319607
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.034.80.45223860.820.2170.5030.45997.2
2.03-2.075.20.42524370.8470.20.4720.43497.6
2.07-2.116.10.40324970.8880.1720.4390.46699.5
2.11-2.156.30.38924840.9060.1630.4220.46199.5
2.15-2.26.50.34624500.9320.1440.3750.47599.5
2.2-2.256.60.33625010.9330.1390.3650.48699.2
2.25-2.316.60.32224820.9260.1340.3490.50399.2
2.31-2.376.50.28924310.9470.120.3130.51799.4
2.37-2.446.30.26825270.9530.1130.2910.50798.7
2.44-2.526.10.2524460.9510.1090.2730.51998.4
2.52-2.616.90.22824610.970.0930.2460.57199.4
2.61-2.716.80.20724880.970.0840.2240.57299.4
2.71-2.846.80.18924990.9760.0770.2050.59199.2
2.84-2.996.90.1624630.9820.0650.1730.64799.1
2.99-3.176.50.13924920.9850.0580.1510.71899.1
3.17-3.426.70.11724640.9890.0480.1270.83698
3.42-3.767.10.10224950.9930.0410.110.95899.6
3.76-4.316.90.09225120.9940.0370.0991.01599.1
4.31-5.436.60.08324460.9930.0350.0910.96797.6
5.43-506.80.08325440.9940.0340.090.99498.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1e7s

1e7s


解像度: 2.05→49.549 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2135 1859 3.99 %
Rwork0.1654 44789 -
obs0.1673 46648 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.92 Å2 / Biso mean: 31.0493 Å2 / Biso min: 14.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→49.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5570 0 96 544 6210
Biso mean--36.81 35.23 -
残基数----696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085785
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9757802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006988
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6793414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.05-2.10540.26531430.1944342299
2.1054-2.16740.25791420.1853481100
2.1674-2.23730.22571410.1709339899
2.2373-2.31730.21991430.1732345099
2.3173-2.41010.22021440.1677345099
2.4101-2.51980.21361430.1724339798
2.5198-2.65260.23381430.17413467100
2.6526-2.81880.23581370.1802345899
2.8188-3.03640.22081520.1768345399
3.0364-3.34190.20291400.1743341598
3.3419-3.82530.18971440.14483466100
3.8253-4.81890.17521390.1432343298
4.8189-49.5490.22751480.1662350099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.2129 Å / Origin y: 58.9476 Å / Origin z: 45.0395 Å
111213212223313233
T0.1739 Å20.009 Å20.0073 Å2-0.2007 Å20.006 Å2--0.194 Å2
L0.3288 °20.0199 °20.147 °2-0.1437 °20.0529 °2--0.4818 °2
S-0.01 Å °-0.0012 Å °0.0201 Å °0.0193 Å °-0.0055 Å °0.0012 Å °-0.0028 Å °0.0284 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 350
2X-RAY DIFFRACTION1allB-1 - 350
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 544

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る