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Yorodumi- PDB-7cxt: Crystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7cxt | ||||||
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Title | Crystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase from C.jejuni | ||||||
Components | GDP-L-fucose synthase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Campylobacter jejuni C4 reductase GDP-6-OMe-4-keto-L-Xylo-heptose | ||||||
Function / homology | Function and homology information GDP-L-fucose synthase / GDP-L-fucose synthase activity / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / isomerase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (Campylobacter) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Kim, J.H. / Kim, J.S. | ||||||
Funding support | Korea, Republic Of, 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2021 Title: Crystal structure of a GDP-6-OMe-4-keto-L-xylo-heptose reductase from Campylobacter jejuni. Authors: Kim, J.H. / Hofmann, A. / Kim, J.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7cxt.cif.gz | 297.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7cxt.ent.gz | 239.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7cxt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7cxt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7cxt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7cxt_validation.xml.gz | 33.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7cxt_validation.cif.gz | 49 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/7cxt | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1e7sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39596.410 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Campylobacter jejuni subsp. jejuni serotype O:2 (strain ATCC 700819 / NCTC 11168) (Campylobacter) Strain: ATCC 700819 / NCTC 11168 / Gene: fcl, Cj1428c / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q0P8I6, GDP-L-fucose synthase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M sodium citrate trihydrate pH 5.6, 20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1 mM beta-mercaptoethanol, 1mM nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 11C / Wavelength: 0.979415 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979415 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 49505 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.15 / Χ2: 0.647 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 319607 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1e7s Resolution: 2.05→49.549 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 20.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.92 Å2 / Biso mean: 31.0493 Å2 / Biso min: 14.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→49.549 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -3.2129 Å / Origin y: 58.9476 Å / Origin z: 45.0395 Å
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Refinement TLS group |
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