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- PDB-7cx1: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cx1
タイトルCrystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis in complex with the cofactor PLP and inhibitor methyl-tyrosine
要素Decarboxylase
キーワードLYASE / Catalytic / binding pocket / tyrosine decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminobutyrate decarboxylase / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine decarboxylase, bacteria / : / Tyrosine decarboxylase, C-terminal / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(2R)-2-(methylamino)propyl]phenol / L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis in complex with the cofactor PLP and inhibitor methyl-tyrosine
著者: Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decarboxylase
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,7477
ポリマ－211,0863
非ポリマー6614
水3,693205
1
A: Decarboxylase
ヘテロ分子

A: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0554
ポリマ－140,7242
非ポリマー3302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area13970 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area36680 Å2
手法PISA
2
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,2205
ポリマ－140,7242
非ポリマー4963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14230 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area36740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.490, 131.490, 385.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 494 through 615 or resid 701))
21(chain B and (resid 8 through 486 or resid 494 through 615 or resid 1101))
31(chain C and (resid 8 through 417 or resid 428 through 701))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSPHEPHE(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 494 through 615 or resid 701))AA8 - 4178 - 417
12ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 494 through 615 or resid 701))AA428 - 486428 - 486
13GLUGLUGLNGLN(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 494 through 615 or resid 701))AA494 - 615494 - 615
14GKUGKUGKUGKU(chain A and (resid 8 through 417 or resid 428 through 486 or resid 494 through 615 or resid 701))AD701
21LYSLYSPHEPHE(chain B and (resid 8 through 486 or resid 494 through 615 or resid 1101))BB8 - 4868 - 486
22GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 8 through 486 or resid 494 through 615 or resid 1101))BB494 - 615494 - 615
23GKUGKUGKUGKU(chain B and (resid 8 through 486 or resid 494 through 615 or resid 1101))BE1101
31LYSLYSPHEPHE(chain C and (resid 8 through 417 or resid 428 through 701))CC8 - 4178 - 417
32ILEILEGKUGKU(chain C and (resid 8 through 417 or resid 428 through 701))CC - G428 - 701428

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要素

#1: タンパク質 Decarboxylase / Tyrosine decarboxylase


分子量: 70362.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: tyrDC, ddc, ELS84_1624, KUB3007_C03520, NCTC8729_00604
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KXD2, diaminobutyrate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-GKU / 4-[(2R)-2-(methylamino)propyl]phenol / l-p-ヒドロキシメタンフェタミン


分子量: 165.232 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15% PEG 1000, 0.2 M Mgcl2 and 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→25 Å / Num. obs: 65687 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.153 / Χ2: 0.639 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.8527.91.09452670.9020.2091.1140.316100
2.85-2.9630.30.79452940.9450.1460.8080.336100
2.96-3.130.40.58752980.9680.1080.5970.368100
3.1-3.2630.30.42653130.9810.0780.4340.409100
3.26-3.4630.20.27653320.9910.0510.2810.468100
3.46-3.7329.90.17453600.9970.0320.1770.57100
3.73-4.129.50.12453910.9980.0230.1260.746100
4.1-4.6928.90.10954350.9980.0210.1111.112100
4.69-5.9280.155130.9980.0190.1021.149100
5.9-25250.0558400.9990.010.0510.95299.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSI

5hsi


解像度: 2.54→24.85 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 3283 5 %
Rwork0.2099 62404 -
obs0.2121 65687 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.46 Å2 / Biso mean: 48.8118 Å2 / Biso min: 21.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.54→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14185 0 108 205 14498
Biso mean--54.2 30 -
残基数----1795
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5346X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
12B5346X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
13C5346X-RAY DIFFRACTION12.281TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.54-2.630.36653220.298561196441
2.63-2.740.31643220.278460956417
2.74-2.860.33143240.274661386462
2.86-3.010.35113200.268361256445
3.01-3.20.31953250.270561876512
3.2-3.450.2913270.244762056532
3.45-3.790.23723260.208562176543
3.79-4.340.22193280.181762516579
4.34-5.450.20193360.166163686704
5.46-24.850.20673530.166266997052

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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