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- PDB-7cwz: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cwz
タイトルCrystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis K392A mutant in complex with the cofactor PLP and L-dopa
要素Decarboxylase
キーワードLYASE / Catalytic / binding pocket / tyrosine decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminobutyrate decarboxylase / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine decarboxylase, bacteria / : / Tyrosine decarboxylase, C-terminal / : / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
L-DOPAMINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a tyrosine decarboxylase from Enterococcus faecalis K392A mutant in complex with the cofactor PLP and L-dopa
著者: Yu, X. / Gong, M. / Huang, J. / Liu, W. / Chen, C. / Guo, R.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decarboxylase
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,47711
ポリマ－210,2283
非ポリマー1,2508
水1,00956
1
A: Decarboxylase
ヘテロ分子

A: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0018
ポリマ－140,1522
非ポリマー8496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area15970 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA
2
B: Decarboxylase
C: Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,9777
ポリマ－140,1522
非ポリマー8255
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16370 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area37870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.314, 133.314, 390.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...
21(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...
31(chain C and (resid 8 through 201 or resid 203 through 429 or resid 433 through 616 or resid 701))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 2018 - 201
12ILEILEPHEPHE(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA203 - 417203 - 417
13ILEILEILEILE(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA428428
14LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
15LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
16LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
17LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
18LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
19LYSLYSASPASP(chain A and (resid 8 through 201 or resid 203...AA8 - 6188 - 618
21LYSLYSPROPRO(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB8 - 4298 - 429
22GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB433 - 489433 - 489
23ASPASPASPASP(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB490490
24LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB6 - 6186 - 618
25LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB6 - 6186 - 618
26LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB6 - 6186 - 618
27LEULEUASPASP(chain B and (resid 8 through 429 or resid 433...BB6 - 6186 - 618
31LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 8 through 201 or resid 203 through 429 or resid 433 through 616 or resid 701))CC8 - 2018 - 201
32ILEILEPROPRO(chain C and (resid 8 through 201 or resid 203 through 429 or resid 433 through 616 or resid 701))CC203 - 429203 - 429
33GLYGLYILEILE(chain C and (resid 8 through 201 or resid 203 through 429 or resid 433 through 616 or resid 701))CC433 - 616433 - 616
34PLPPLPPLPPLP(chain C and (resid 8 through 201 or resid 203 through 429 or resid 433 through 616 or resid 701))CJ701

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要素

#1: タンパク質 Decarboxylase / Tyrosine decarboxylase


分子量: 70075.875 Da / 分子数: 3 / 変異: K392A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
遺伝子: tyrDC, ddc, ELS84_1624, KUB3007_C03520, NCTC8729_00604
発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KXD2, diaminobutyrate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-LDP / L-DOPAMINE / DOPAMINE / 2-(4-ヒドロキシ-5-オキシラトフェニル)-1-エタンアミニウム


分子量: 153.178 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 1000, 0.2 M Mgcl2 and 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 6.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→25 Å / Num. obs: 43434 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.9 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.179 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 732993
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.97-3.0813.71.14842060.9240.3131.1910.82599.9
3.08-3.215.91.07342600.9480.2731.1070.83699.9
3.2-3.3417.30.81342520.9720.1980.8370.86299.9
3.34-3.52180.55142730.9880.1320.5670.934100
3.52-3.74180.32842750.9930.0790.3371.022100
3.74-4.0317.90.20543020.9970.050.2111.09299.9
4.03-4.4317.70.1543420.9970.0360.1541.171100
4.43-5.0717.50.1243600.9960.0290.1231.33100
5.07-6.37170.10144590.9970.0250.1041.158100
6.37-2515.80.04647050.9990.0120.0470.9999.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HSI

5hsi


解像度: 2.97→24.85 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2935 2139 5.04 %
Rwork0.2426 40342 -
obs0.2452 42481 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.04 Å2 / Biso mean: 52.568 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.97→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14087 0 131 56 14274
Biso mean--57.01 30.08 -
残基数----1794
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5383X-RAY DIFFRACTION8.612TORSIONAL
12B5383X-RAY DIFFRACTION8.612TORSIONAL
13C5383X-RAY DIFFRACTION8.612TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.97-3.080.40952160.33643685390193
3.08-3.20.42442160.334440054221100
3.2-3.340.40142150.310740344249100
3.34-3.520.40452150.29484025424099
3.52-3.740.31852100.25763983419399
3.74-4.030.27432120.23943990420298
4.03-4.430.25862140.22034025423998
4.43-5.070.25522110.2034047425898
5.07-6.370.27572140.22564183439799
6.37-24.850.21132160.20224365458198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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