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万見
- PDB-7cwh: Structural basis of RACK7 PHD to read a pediatric glioblastoma-as... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cwh
タイトルStructural basis of RACK7 PHD to read a pediatric glioblastoma-associated histone mutation H3.3G34R
要素
  • Peptide from Histone H3.3
  • Protein kinase C-binding protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / RACK7 / PHD / H3.3G34R
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / spermatid development ...negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / spermatid development / single fertilization / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / embryo implantation / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / male gonad development / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PRKCBP1, PHD finger / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. ...PRKCBP1, PHD finger / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain / Bromodomain profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Zinc finger MYND-type containing 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lan, W.X. / Li, Z. / Jiao, F.F. / Wang, C.X. / Guo, R. / Cao, C.Y.
引用ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RACK7 PHD domain to read a pediatric glioblastoma‐associated histone mutation H3.3G34R
著者: Lan, W.X. / Li, Z. / Jiao, F.F. / Wang, C.X. / Guo, R. / Cao, C.Y.
履歴
登録2020年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide from Histone H3.3
B: Protein kinase C-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6014
ポリマ－8,4712
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area780 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area6380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Peptide from Histone H3.3


分子量: 1333.562 Da / 分子数: 1 / 変異: G34R / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243
#2: タンパク質 Protein kinase C-binding protein 1 / RACK7


分子量: 7137.098 Da / 分子数: 1 / Fragment: PHD-type / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TH12
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D 1H-15N TOCSY
161isotropic13D 1H-15N NOESY
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
192isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic12D 1H-15N HSQC
1112isotropic12D 1H-13C HSQC
1121isotropic12D filter TOCSY
1131isotropic12D filter NOESY
1141isotropic13D 15N-filter-edit NOESY
1152isotropic13D 13C-filter-edit NOESY
1163isotropic13D HNCO
1173isotropic13D HN(CA)CB
1183isotropic13D CBCA(CO)NH
1193isotropic13D 1H-15N NOESY
1203isotropic13D 1H-15N TOCSY
1213isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1223isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DDT, 90% H2O/10% D2O13C_15N_Rack90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-13C; U-15N] RACK7 PHD, 1.4 mM H3.3G34R, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 100% D2O13C_15N_Rack100% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N] G34R, 1.2 mM RACK7 PHD, 100 mM sodium chloride, 0.02 % w/v sodium azide, 50 mM sodium phosphate, 2 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O13C_15N_G34R90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMRACK7 PHD[U-13C; U-15N]1
1.4 mMH3.3G34Rnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mMDDT[U-2H]1
0.7 mMRACK7 PHD[U-13C; U-15N]2
1.4 mMH3.3G34Rnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mMDTT[U-2H]2
1 mMG34R[U-13C; U-15N]3
1.2 mMRACK7 PHDnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
0.02 % w/vsodium azidenatural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
2 mMDTT[U-2H]3
試料状態イオン強度: 500 mM / Label: 1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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