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万見
- PDB-7cus: Crystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio paraha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cus
タイトルCrystal structure of the sensor domain of VbrK from Vibrio parahaemolyticus
要素DUF3404 domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / sensor domain (センサ) / beta-lactam antibiotic receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Protein of unknown function DUF3404 / Domain of unknown function (DUF3404) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF3404 domain-containing protein / Sensor histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the sensor domain of the beta-lactam antibiotic receptor VbrK from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Cho, S.Y. / Yoon, S.I.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF3404 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1721
ポリマ－25,1721
非ポリマー00
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)29.686, 69.875, 106.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DUF3404 domain-containing protein / Histidine kinase


分子量: 25171.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
遺伝子: C1S91_03980, CGH73_12765, CGI34_20575, CGI42_14745, E4P16_22270, F0L89_03255
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F2H8K1, UniProt: Q87HP3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, di-ammonium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 27602 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 18.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1334 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R7Q

4r7q


解像度: 1.65→29.21 Å / SU ML: 0.1482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2476
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 1398 5.09 %
Rwork0.1819 26052 -
obs0.1833 26052 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1703 0 0 150 1853
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.709 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 122 -
Rwork0.2054 2532 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.681085947088-0.318127134197-1.351567176670.1817616192890.3884234468293.8763428417-0.07000023635870.090512364537-0.0490211554203-0.02146149067080.01443593945540.076968805150.0539179533753-0.2076934953980.05832250932140.165495889674-0.0323983464959-3.87286535982E-50.1853471203920.01130893223710.179344221679-6.88894218632-3.957151883426.812096897
21.76313063109-0.288877718314-0.9268633928772.23857246959-0.1653550991932.591231175470.120382816845-0.1271421309730.009670733294450.0604900677183-0.118705243433-0.0500422739611-0.10010951740.125470387271-0.02005865707890.0693871585181-0.0124099425315-0.009761297182620.1316239500940.008996934030550.1192249653855.25155945632-2.285179984485.05424292163
31.857775140850.675124652217-0.5140088435372.560348651950.4685440290113.32584253259-0.1230613037360.00353612024507-0.1455219820680.02518083658750.0737869253364-0.002104825562650.284638219449-0.05503166426750.02518287741140.1087492844270.01191063220180.007404392065130.1081028151480.02062597630950.125338802601-5.83186992195-7.9423873538236.9206279944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 23 through 72 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 170 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 238 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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