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万見
- PDB-7cue: Crystal structure of HID2 bound to human Hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cue
タイトルCrystal structure of HID2 bound to human Hemoglobin
要素
  • (Hemoglobin subunit ...) x 2
  • Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Hemoglobin / Staphylococcus aureus / Hemoglobin binding protein / protein-protein interaction / Shr / heme acquisition
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / Late endosomal microautophagy / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / regulation of blood pressure / platelet aggregation / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / : / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Hemoglobin, pi ...Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / Heme-binding protein Shr-like, Hb-interacting domain / : / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Globin/Protoglobin / Leucine-rich repeat profile. / Globin / Globin / Globin domain profile. / Leucine-rich repeat / Globin-like superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain.
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Streptococcal hemoprotein receptor / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Caaveiro, J.M.M. / Hoshino, M. / Tsumoto, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K06962 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the recognition of human hemoglobin by the Shr protein from Streptococcus pyogenes
著者: Caaveiro, J.M.M. / Hoshino, M. / Senoo, A. / Nakakido, M. / Nagatoishi, S. / Tame, J.R.H. / Tsumoto, K.
履歴
登録2020年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
F: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
H: Amino acid ABC transporter substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,37113
ポリマ－103,7137
非ポリマー2,6586
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14920 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area38320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.500, 52.760, 129.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13E
23F
14E
24H
15F
25H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALARGARGAA1 - 1412 - 142
21VALVALARGARGCC1 - 1412 - 142
12VALVALHISHISBB1 - 1462 - 147
22VALVALHISHISDD1 - 1462 - 147
13LEULEUGLNGLNEE176 - 2836 - 113
23LEULEUGLNGLNFF176 - 2836 - 113
14LEULEUGLNGLNEE176 - 2836 - 113
24LEULEUGLNGLNHG176 - 2836 - 113
15LEULEUGLNGLNFF176 - 2836 - 113
25LEULEUGLNGLNHG176 - 2836 - 113

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
Hemoglobin subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15281.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Human blood / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16021.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Human blood / 参照: UniProt: P68871

-
タンパク質 , 1種, 3分子 EFH

#3: タンパク質 Amino acid ABC transporter substrate-binding protein / DUF1533 domain-containing protein / Heme-binding protein Shr


分子量: 13702.384 Da / 分子数: 3 / Fragment: HID2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: shr, inlA_2, G3M98_06270, GTK50_07335, SAMEA3919037_01262
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0LFQ8

-
非ポリマー , 3種, 28分子

#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 23% PEG 3350 (w/v), 100mM ammonium sulfate, 100mM BIS-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→44.2 Å / Num. obs: 24514 / % possible obs: 87.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3018 / CC1/2: 0.749 / Rpim(I) all: 0.326

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CUD, 4NI0

7cud

4ni0


解像度: 2.75→43.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 17.778 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1224 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2146 23276 87.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.15 Å2 / Biso mean: 62.79 Å2 / Biso min: 24.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å21.15 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→43.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6889 0 182 22 7093
Biso mean--51.97 40.45 -
残基数----898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0137243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.6779882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.60415655
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5165891
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.08724.175297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.468151195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6321515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021439
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A41770.12
12C41770.12
21B43180.12
22D43180.12
31E30910.11
32F30910.11
41E30980.1
42H30980.1
51F31220.1
52H31220.1
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 79 -
Rwork0.35 1421 -
all-1500 -
obs--73.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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