PDB-7cty: Wild type plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cty

タイトル

Wild type plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS), fragment 263, NADP+, dUMP

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Dihydrofolate reductase / plasmodium falciparum / Antimalarial / Antifolate / Fragment / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2021
タイトル: Discovery of new non-pyrimidine scaffolds as Plasmodium falciparum DHFR inhibitors by fragment-based screening.
著者: Hoarau, M. / Vanichtanankul, J. / Srimongkolpithak, N. / Vitsupakorn, D. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S.

履歴

登録	2020年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_reflns_twin / Item: _pdbx_reflns_twin.diffrn_id
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cty.cif.gz	400.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cty.ent.gz	333.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cty_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cty_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7cty_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	7cty_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7cty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/7cty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ctwC 7ctzC 4dpdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lh9-d 6lhi-d 3qgt-d 6a2k-d 3jsu-d 4dpd-d 4dp3-d 6lev-d 6a2o-d 6lez-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.143, 154.088, 163.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71828.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, dhfr-ts / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A7UD81
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-GF3 / spiro[1H-2-benzofuran-3,4'-piperidine] / スピロ[ピペリジン-4,1′(3′H)-イソベンゾフラン] 分子量: 189.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5864038 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.473164 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na malonate, 13%PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2019年9月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.904
pseudo-merohedral	2	1	-H, -L, -K	2	0.096

反射

解像度: 2.641→24.527 Å / Num. obs: 34592 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.66 % / B_iso Wilson estimate: 17.16 Å² / R_merge(I) obs: 0.0927 / Net I/av σ(I): 16.91 / Net I/σ(I): 12.68

反射シェル

解像度: 2.8→2.94 Å / R_merge(I) obs: 0.1876 / Num. unique obs: 4123 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PROTEUM PLUS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PROTEUM PLUS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DPD

4dpd

解像度: 2.8→20.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.87 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.781 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3031	1686	4.874 %
R_work	0.2343	32905	-
all	0.238	-	-
obs	-	34591	81.167 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.219 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	11.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.491 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8658	0	86	16	8760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	8135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.647	1.642	12113
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.365	1.577	18943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.063	5	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.128	23.765	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.933	15	1600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.233	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.46	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9811
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	8163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	4087
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3920
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.107	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.283	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.306	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.465	2.872	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.464	2.871	4155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.165	4.29	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.166	4.29	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.976	2.953	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.976	2.953	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.416	4.367	6932
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.459	4.366	6933
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.266	31.221	9819
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.266	31.224	9820

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.85				1563	X-RAY DIFFRACTION	86.6
2.85-2.91				1779	X-RAY DIFFRACTION	88.5
2.865-2.953	0.378	140	0.309	2619	X-RAY DIFFRACTION	95.3681
2.91-2.97				1716	X-RAY DIFFRACTION	89.9
2.953-3.05	0.339	118	0.292	2400	X-RAY DIFFRACTION	91.4306
3.05-3.157	0.412	131	0.269	2387	X-RAY DIFFRACTION	93.467
3.157-3.276	0.409	116	0.297	2421	X-RAY DIFFRACTION	97.4645
3.276-3.409	0.372	97	0.263	2280	X-RAY DIFFRACTION	95.2324
3.409-3.561	0.337	136	0.254	2204	X-RAY DIFFRACTION	96.8142
3.561-3.735	0.268	101	0.252	2172	X-RAY DIFFRACTION	97.8897
3.735-3.936	0.309	88	0.221	2021	X-RAY DIFFRACTION	97.2786
3.936-4.175	0.244	102	0.192	1949	X-RAY DIFFRACTION	98.7958
4.175-4.463	0.216	99	0.183	1860	X-RAY DIFFRACTION	99.1899
4.463-4.821	0.245	110	0.176	1710	X-RAY DIFFRACTION	98.3784
4.821-5.28	0.232	89	0.18	1566	X-RAY DIFFRACTION	97.8132
5.28-5.903	0.295	84	0.196	1417	X-RAY DIFFRACTION	96.9638
5.903-6.814	0.296	52	0.19	1339	X-RAY DIFFRACTION	99.7133
6.814-8.342	0.248	59	0.184	1080	X-RAY DIFFRACTION	96.8537

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)