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万見
- PDB-7ct2: New Delhi metallo-beta-lactamase 1 (NDM1) mutant - H116Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ct2
タイトルNew Delhi metallo-beta-lactamase 1 (NDM1) mutant - H116Q
要素Metallo beta lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE / Apo
機能・相同性Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / antibiotic catabolic process / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding / Metallo-beta-lactamase type 2
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kong, W.P. / Chen, Y.W. / Wong, K.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)P0011953 中国
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of the H116Q mutant of NDM-1: An enzyme devoid of zinc ions.
著者: Kong, W.P. / Chen, Y.W. / Wong, K.Y.
#1: ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2022
タイトル: NDM-1 Zn1-binding residue His116 plays critical roles in antibiotic hydrolysis.
著者: Fung, Y.H. / Kong, W.P. / Leung, A.S.L. / Du, R. / So, P.K. / Wong, W.L. / Leung, Y.C. / Chen, Y.W. / Wong, K.Y.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年3月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_name_com.name / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _software.version / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet.number_strands
解説: Model completeness
詳細: Response to issues/queries 1. Model revised (ASN B176 side-chain amide flipped) 2. Sequence: verified 3. Sequence DB discrepancies: all correct 4. Ligand: confirmed 5. All checked to be ...詳細: Response to issues/queries 1. Model revised (ASN B176 side-chain amide flipped) 2. Sequence: verified 3. Sequence DB discrepancies: all correct 4. Ligand: confirmed 5. All checked to be regions of poor densities 6. All checked, please keep 7. LINK Records: all good 8. All "riding hydrogens" in refinement removed
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo beta lactamase NDM-1
B: Metallo beta lactamase NDM-1
C: Metallo beta lactamase NDM-1
D: Metallo beta lactamase NDM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1354
ポリマ－106,1354
非ポリマー00
水10,845602
1
A: Metallo beta lactamase NDM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5341
ポリマ－26,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Metallo beta lactamase NDM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5341
ポリマ－26,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Metallo beta lactamase NDM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5341
ポリマ－26,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Metallo beta lactamase NDM-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5341
ポリマ－26,5341
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.630, 68.550, 69.410
Angle α, β, γ (deg.)87.950, 88.820, 77.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Metallo beta lactamase NDM-1 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM1 metallo- ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / NDM_carbapenemase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1 / Subclass B1 metallo-beta-lactamase NDM-1


分子量: 26533.773 Da / 分子数: 4 / 変異: H116Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: NDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1, blaNDM1, D647_p47098, DBX64_28130, DDJ63_29735, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, ...遺伝子: NDM-1, bla NDM-1, blaNDM-1, blaNDM1, D647_p47098, DBX64_28130, DDJ63_29735, EC13450_007, NCTC13443_00040, p2146_00143, pCRE380_21, pN11x00042NDM_090, pNDM-SX04_5, pNDM10469_138, SAMEA3499901_05193, TR3_031, TR4_031
プラスミド: pET28a
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: E9NWK5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 100 mM Sodium succinate,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.3 Å / Num. obs: 56672 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.128 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 7888 / Rpim(I) all: 0.242 / Rrim(I) all: 0.342 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLM7.3.0データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZGY

5zgy


解像度: 1.95→30.538 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / WRfactor Rfree: 0.311 / WRfactor Rwork: 0.24 / SU B: 6.462 / SU ML: 0.18 / Average fsc free: 0.8295 / Average fsc work: 0.8605 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.216
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2856 2785 4.921 %RANDOM
Rwork0.2223 53814 --
all0.225 ---
obs-56599 92.574 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.929 Å21.91 Å2-1.534 Å2
2---1.628 Å2-0.396 Å2
3---0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.538 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 0 0 602 7410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0126968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.6269492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1365912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92623.133332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.546151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1051532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025420
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.23217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24650
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2590.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2330.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3972.4653660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6233.6844568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6822.6793308
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9043.9024924
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.21234.17410508
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.0010.3381910.3093686X-RAY DIFFRACTION86.1364
2.001-2.0550.3472110.2733790X-RAY DIFFRACTION90.4385
2.055-2.1150.3571820.2683723X-RAY DIFFRACTION90.5822
2.115-2.180.3081800.2543566X-RAY DIFFRACTION90.9886
2.18-2.2510.2931940.2383502X-RAY DIFFRACTION91.3495
2.251-2.330.2991980.2133421X-RAY DIFFRACTION92.3686
2.33-2.4180.3361880.2223232X-RAY DIFFRACTION92.084
2.418-2.5170.311550.2143224X-RAY DIFFRACTION92.6769
2.517-2.6290.3461250.2233128X-RAY DIFFRACTION93.0758
2.629-2.7570.3081560.2182973X-RAY DIFFRACTION93.4867
2.757-2.9060.2561370.2062806X-RAY DIFFRACTION93.8457
2.906-3.0810.3071250.2042688X-RAY DIFFRACTION94.2379
3.081-3.2940.2821270.2232551X-RAY DIFFRACTION94.7629
3.294-3.5570.2781270.2192354X-RAY DIFFRACTION95.3497
3.557-3.8950.2631210.2192170X-RAY DIFFRACTION95.1017
3.895-4.3530.2481070.1991970X-RAY DIFFRACTION95.6702
4.353-5.0240.223790.1941762X-RAY DIFFRACTION96.4379
5.024-6.1450.279850.2281490X-RAY DIFFRACTION96.6851
6.145-8.6560.278670.241147X-RAY DIFFRACTION97.0424
8.656-30.5380.201300.201631X-RAY DIFFRACTION94.2939

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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