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- PDB-7ct1: Crystal structure of Snx27 FERM domain in complex with a DLF motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ct1
タイトルCrystal structure of Snx27 FERM domain in complex with a DLF motif
要素Fusion protein Sorting nexin-27 and DLF motif
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex / snx27 / snx1
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of natural killer cell polarity / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport ...establishment of natural killer cell polarity / regulation of synapse maturation / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endosomal transport / endosome to lysosome transport / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / immunological synapse / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / early endosome membrane / early endosome / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain ...SNX27, atypical FERM-like domain / SNX27, PX domain / SNX27, RA domain / SNX17/27/31 / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.947 Å
データ登録者Hu, W. / Da, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Snx27 FERM domain in complex with a DLF motif
著者: Hu, W. / Jia, D. / Sun, Q.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein Sorting nexin-27 and DLF motif
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5603
ポリマ－33,3761
非ポリマー1842
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area14910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.194, 72.941, 103.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein Sorting nexin-27 and DLF motif


分子量: 33375.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: SNX27, KIAA0488, My014 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96L92
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.09 M NPS 0.1 M Buffer System 3 pH8.5 50 % v/v Precipitant Mix 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.947→59.72 Å / Num. obs: 24036 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 3158 / CC1/2: 0.926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.947→22.276 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2222 1183 4.94 %
Rwork0.1717 --
obs0.1741 23957 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.85 Å2 / Biso mean: 46.4014 Å2 / Biso min: 22.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.947→22.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 12 153 2354
Biso mean--75.3 50.52 -
残基数----263
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.1667 Å / Origin y: 34.7715 Å / Origin z: 36.7214 Å
111213212223313233
T0.2615 Å20.0353 Å20.01 Å2-0.2449 Å20.0214 Å2--0.2441 Å2
L1.2364 °2-0.0311 °2-0.024 °2-1.4371 °2-0.0162 °2--0.6484 °2
S-0.0624 Å °-0.0736 Å °-0.0774 Å °0.1865 Å °0.0728 Å °-0.0191 Å °-0.0668 Å °-0.0358 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA274 - 602
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 154

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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