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万見
- PDB-4ryt: Crystal Structure of F222 form of E112A Mutant of Stationary Phas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ryt
タイトルCrystal Structure of F222 form of E112A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium
要素5'/3'-nucleotidase SurE
キーワードHYDROLASE / Stationary phase survival protein / Domain swapping / Rossmann fold like / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-nucleotidase / exopolyphosphatase / 3'-nucleotidase activity / exopolyphosphatase activity / : / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A, / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / Survival protein SurE / Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase / SurE-like phosphatase/nucleotidase superfamily / Survival protein SurE / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 5'/3'-nucleotidase SurE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Mathiharan, Y.K. / Murthy, M.R.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Insights into stabilizing interactions in the distorted domain-swapped dimer of Salmonella typhimurium survival protein.
著者: Mathiharan, Y.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _citation.country ..._chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0208
ポリマ－28,5571
非ポリマー4637
水5,206289
1
A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子

A: 5'/3'-nucleotidase SurE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,03916
ポリマ－57,1142
非ポリマー92514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_545-x+1/2,-y-1/2,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.010, 121.180, 143.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

21A-439-

HOH

31A-456-

HOH

41A-463-

HOH

51A-501-

HOH

61A-610-

HOH

71A-623-

HOH

81A-676-

HOH

91A-684-

HOH

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要素

#1: タンパク質 5'/3'-nucleotidase SurE / Exopolyphosphatase / Nucleoside monophosphate phosphohydrolase


分子量: 28557.074 Da / 分子数: 1 / 変異: E112A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: surE / プラスミド: pRSETC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-pLysS / 参照: UniProt: P66881, 5'-nucleotidase, 3'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 30% 2-Methyl 2,4-pentanediol, Under Oil, Microbatch method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月27日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.33 Å / Num. obs: 18453 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.18 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2258 / Rsym value: 0.197 / % possible all: 79.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V4N

2v4n


解像度: 2.09→36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.391 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 941 5.1 %RANDOM
Rwork0.20343 ---
obs0.2055 17512 96.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.15 Å20 Å20 Å2
2---2.06 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 27 289 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.9692770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9885278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26224.58885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09615283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1931512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211575
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 64 -
Rwork0.27 1199 -
obs--95.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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