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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7crg | ||||||
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タイトル | Beta-strand-mediated dimeric formation of the extended Ig-like domains of human lamin A/C | ||||||
![]() | Prelamin-A/C | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / lamin A/C / Ig-like domain / dimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / nuclear pore localization ...structural constituent of nuclear lamina / negative regulation of mesenchymal cell proliferation / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / ventricular cardiac muscle cell development / Breakdown of the nuclear lamina / Depolymerization of the Nuclear Lamina / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / Nuclear Envelope Breakdown / nuclear envelope organization / nuclear pore localization / lamin filament / protein localization to nuclear envelope / nuclear lamina / XBP1(S) activates chaperone genes / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / regulation of protein localization to nucleus / nuclear migration / regulation of telomere maintenance / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / muscle organ development / intermediate filament / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / protein localization to nucleus / heterochromatin formation / regulation of cell migration / Meiotic synapsis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein stability / protein localization / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / protein import into nucleus / cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nuclear envelope / site of double-strand break / cellular response to hypoxia / nuclear membrane / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / structural molecule activity / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahn, J. / Ha, N.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Beta-strand-mediated dimeric formation of the Ig-like domains of human lamin A/C and B1. 著者: Ahn, J. / Lee, J. / Jeong, S. / Kang, S.M. / Park, B.J. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17050.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Potassium Chloride, 0.05 M HEPES pH 7.5, 35%(v/v) Pentaerythritol Propoxylate (5/4PO/OH) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 47954 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 24.5 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 34.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 47954 / Rpim(I) all: 0.073 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1IFR 解像度: 1.8→39.38 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.86 / 位相誤差: 19.21 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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