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万見
- PDB-7cre: hnRNPK KH3 domain in complex with a ssDNA fragment from the SIRLO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cre
タイトルhnRNPK KH3 domain in complex with a ssDNA fragment from the SIRLOIN element
要素
  • Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
  • ssDNA fragment
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / SRILOIN / hnRNPK / KH3 / complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anchoring junction / podosome / spliceosomal complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ROK, N-terminal / ROKNT (NUC014) domain / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yao, J. / Sun, Q.
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2021
タイトル: Nuclear import receptors and hnRNPK mediates nuclear import and stress granule localization of SIRLOIN.
著者: Yao, J. / Tu, Y. / Shen, C. / Zhou, Q. / Xiao, H. / Jia, D. / Sun, Q.
履歴
登録2020年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
C: ssDNA fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9833
ポリマ－12,9602
非ポリマー231
水19811
1
A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
C: ssDNA fragment
ヘテロ分子

A: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
C: ssDNA fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9676
ポリマ－25,9214
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.611, 61.611, 144.544
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-500-

NA

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要素

#1: タンパク質 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K


分子量: 8205.230 Da / 分子数: 1 / 断片: KH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4DUQ1
#2: DNA鎖 ssDNA fragment


分子量: 4755.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SIRLOIN element / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25 % w/v Polyethylene glycol 3350, 100 mM BIS-TRIS pH 5.5, 200 mM Ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 3670 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 42330
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
3-3.1111.13560.3240.8890.765100
3.11-3.2311.93550.7960.3080.864100
3.23-3.3812.13480.9650.1491.0311000.5450.566
3.38-3.5612.13570.9620.1161.04199.40.4190.436
3.56-3.7811.73510.9830.0671.05598.90.240.25
3.78-4.07123640.9850.0551.03999.20.1930.201
4.07-4.4811.83660.9940.0321.07199.50.1140.119
4.48-5.1311.43750.9940.0271.02399.20.0870.091
5.13-6.4611.63740.9930.0271.05898.40.0930.097
6.46-509.94240.9790.0541.06694.90.1630.172

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZZI

1zzi


解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2938 / WRfactor Rwork: 0.2824 / FOM work R set: 0.5831 / SU B: 95.111 / SU ML: 0.624 / SU Rfree: 0.4102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2792 365 10.1 %RANDOM
Rwork0.2579 ---
obs0.26 3239 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 457.39 Å2 / Biso mean: 142.491 Å2 / Biso min: 76.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.41 Å2-4.71 Å2-0 Å2
2---9.41 Å20 Å2
3---30.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数546 159 1 11 717
Biso mean--107.89 175.78 -
残基数----80
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.012726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0270.018627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1561.5281009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9921.7891471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.553571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5424.61526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.43115108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.805153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr17.8273724
LS精密化 シェル解像度: 3→3.158 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 57 -
Rwork0.41 446 -
all-503 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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