PDB-7cqq: GmaS in complex with AMPPNP and MetSox

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cqq

タイトル

GmaS in complex with AMPPNP and MetSox

要素

Type III glutamate--ammonia ligase

キーワード

LIGASE / GMA synthetase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine synthetase / polyamine catabolic process / glutamine biosynthetic process / glutamine synthetase activity / nitrogen fixation / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.295 Å

データ登録者

Li, C.Y. / Zhang, Y.Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of gamma-glutamylmethylamide synthetase provide insight into bacterial metabolism of oceanic monomethylamine.
著者: Wang, N. / Chen, X.L. / Gao, C. / Peng, M. / Wang, P. / Zhang, N. / Li, F. / Yang, G.P. / Shen, Q.T. / Li, S. / Chen, Y. / Zhang, Y.Z. / Li, C.Y.

履歴

登録	2020年8月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cqq.cif.gz	279.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cqq.ent.gz	219.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cqq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cqq_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cqq_full_validation.pdf.gz	4.8 MB	表示
XML形式データ	7cqq_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	7cqq_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/7cqq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqlSC 7cqnC 7cquC 7cqwC 7cqxC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cqw-1 7cqn-1 4lnf-d 7cqu-1 4lno-1 4lnk-1 7cql-1 7cqx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (9) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#30 - 2002年6月
グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase)
類似性 (9)
#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

149 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

A: Type III glutamate--ammonia ligase

B: Type III glutamate--ammonia ligase

C: Type III glutamate--ammonia ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The negative staining electron micrograph clearly showed that GmaS consists of two hexameric rings, with each ring containing six monomers
595 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.553, 174.476, 190.125
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Type III glutamate--ammonia ligase 分子量: 48864.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodovulum sp. 12E13 (バクテリア) 遺伝子: glnT, DLJ49_05815 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A369R1N0, glutamine synthetase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-MSL / (2S)-2-AMINO-4-(METHYLSULFONIMIDOYL)BUTANOIC ACID / METHIONINE SULFOXIMINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 180.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M bicine (pH 8.5), 10% (v/v) 2-propanol, 30% (v/v) polyethylene glycol 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.295→50 Å / Num. obs: 85608 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.79 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.697 / Net I/σ(I): 5.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.3-2.34	6	0.449	4214	0.914	0.199	0.492	0.459	100
2.34-2.38	6.5	0.421	4244	0.937	0.178	0.458	0.46	100
2.38-2.43	6.5	0.376	4248	0.956	0.158	0.408	0.469	100
2.43-2.48	6.5	0.338	4251	0.958	0.143	0.367	0.48	100
2.48-2.53	6.4	0.318	4245	0.961	0.135	0.346	0.484	100
2.53-2.59	6.4	0.273	4230	0.969	0.116	0.297	0.496	100
2.59-2.66	6.3	0.245	4234	0.969	0.105	0.267	0.505	100
2.66-2.73	6.2	0.226	4240	0.976	0.099	0.247	0.53	100
2.73-2.81	5.9	0.197	4276	0.978	0.089	0.217	0.543	100
2.81-2.9	6.2	0.165	4259	0.985	0.072	0.18	0.577	100
2.9-3	6.6	0.15	4261	0.988	0.063	0.163	0.621	100
3-3.12	6.6	0.127	4263	0.991	0.053	0.137	0.673	100
3.12-3.26	6.6	0.106	4263	0.992	0.045	0.115	0.738	100
3.26-3.44	6.5	0.088	4292	0.995	0.038	0.096	0.844	100
3.44-3.65	6.2	0.077	4282	0.995	0.034	0.084	0.969	100
3.65-3.93	6.6	0.065	4291	0.997	0.027	0.07	1.056	100
3.93-4.33	6.9	0.058	4314	0.997	0.023	0.062	1.213	100
4.33-4.95	6.7	0.051	4308	0.998	0.021	0.056	1.148	100
4.95-6.24	6.3	0.048	4366	0.998	0.021	0.053	0.881	100
6.24-50	6.4	0.037	4527	0.999	0.016	0.04	0.66	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CQL

7cql

解像度: 2.295→31.826 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	4099	5.04 %
R_work	0.1572	77254	-
obs	0.1591	81353	94.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.562 Å² / k_sol: 0.321 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.59 Å² / B_iso mean: 37.17 Å² / B_iso min: 19.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.3247 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.7238 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.6009 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.295→31.826 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9831	0	135	840	10806
B_iso mean	-	-	34.32	41.1	-
残基数	-	-	-	-	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10212
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.121	13920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1509
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.681	3738

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2952-2.3222	0.2964	128	0.2053	2313	83
2.3222-2.3505	0.2518	144	0.1837	2442	88
2.3505-2.3803	0.2531	126	0.1868	2457	89
2.3803-2.4116	0.2541	126	0.1741	2499	89
2.4116-2.4446	0.2422	133	0.1709	2511	90
2.4446-2.4795	0.2023	137	0.171	2511	90
2.4795-2.5165	0.2132	115	0.175	2569	92
2.5165-2.5558	0.2267	122	0.173	2576	92
2.5558-2.5977	0.2344	153	0.1718	2551	93
2.5977-2.6425	0.2255	136	0.1732	2586	93
2.6425-2.6905	0.2361	145	0.1797	2614	94
2.6905-2.7422	0.2364	154	0.182	2577	93
2.7422-2.7982	0.2689	135	0.1854	2660	95
2.7982-2.859	0.2317	132	0.1771	2631	95
2.859-2.9255	0.2289	144	0.1804	2673	95
2.9255-2.9986	0.2141	128	0.1881	2698	96
2.9986-3.0796	0.2321	155	0.1774	2717	97
3.0796-3.1701	0.242	158	0.1887	2698	97
3.1701-3.2723	0.228	132	0.1876	2752	97
3.2723-3.3892	0.2419	136	0.1791	2749	98
3.3892-3.5247	0.1925	163	0.1682	2772	98
3.5247-3.6849	0.1925	146	0.1568	2751	99
3.6849-3.8788	0.1757	152	0.1456	2790	99
3.8788-4.1214	0.1673	139	0.1257	2825	99
4.1214-4.4388	0.1536	150	0.1137	2826	100
4.4388-4.8841	0.121	149	0.1124	2843	100
4.8841-5.5875	0.1625	164	0.133	2832	100
5.5875-7.0272	0.1852	140	0.1559	2895	100
7.0272-31.826	0.1478	157	0.1478	2936	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)