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- PDB-7cqm: PlsY grown in LCP soaked with selenourea for 22 min -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cqm
タイトルPlsY grown in LCP soaked with selenourea for 22 min
要素Glycerol-3-phosphate acyltransferase
キーワードTRANSFERASE / selenourea / Se-SAD / LCP / PlsY
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl phosphate:glycerol-3-phosphate acyltransferase / acyl-phosphate glycerol-3-phosphate acyltransferase activity / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol-3-phosphate acyltransferase, PlsY / Glycerol-3-phosphate acyltransferase / Glycerol-3-phosphate acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-hexadec-7-enoate / selenourea / Glycerol-3-phosphate acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Luo, Z.P. / Li, D.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: Selenourea for experimental phasing of membrane protein crystals grown in lipid cubic phase
著者: Luo, Z.P. / Gu, W. / Wang, Y. / Tang, Y. / Li, D.F.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate acyltransferase
B: Glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,63947
ポリマ－43,7282
非ポリマー8,91145
水2,162120
1
A: Glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,70925
ポリマ－21,8641
非ポリマー4,84524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10560 Å2
手法PISA
2
B: Glycerol-3-phosphate acyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,92922
ポリマ－21,8641
非ポリマー4,06521
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area460 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.877, 88.990, 53.982
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate acyltransferase / Acyl-PO4 G3P acyltransferase / Acyl-phosphate--glycerol-3-phosphate acyltransferase / G3P ...Acyl-PO4 G3P acyltransferase / Acyl-phosphate--glycerol-3-phosphate acyltransferase / G3P acyltransferase / GPAT / Lysophosphatidic acid synthase / LPA synthase


分子量: 21863.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: plsY, aq_676 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O66905, acyl phosphate:glycerol-3-phosphate acyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SEY / selenourea / セレノ尿素


分子量: 123.016 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2Se / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-79M / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-hexadec-7-enoate / [(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (Z)-hexadec-7-enoate


分子量: 328.487 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 25-35% (v/v) triethylene glycol, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.564
11-L, -K, -H20.436
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 46884 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 1.69
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.973 / Mean I/σ(I) obs: 18.59 / Num. unique obs: 4730 / CC1/2: 0.687 / Rpim(I) all: 0.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→36.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.269 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1902 2070 4.9 %RANDOM
Rwork0.1564 ---
obs0.158 40046 89.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.92 Å2 / Biso mean: 25.337 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.34 Å20 Å23.92 Å2
2---10.31 Å2-0 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→36.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3062 0 497 120 3679
Biso mean--51.37 30.8 -
残基数----400
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0143601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4521.664768
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4381.7848495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.81619.516124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.55815490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0961516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0540.023818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0450.02842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5844.0331603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.534.0311602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.3947.5362002
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.845 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 98 -
Rwork0.189 1355 -
obs--42.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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