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- PDB-7cpw: Complex structure of DNA with self-catalyzed depurination activity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cpw
タイトルComplex structure of DNA with self-catalyzed depurination activity
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
  • DNA polymerase beta-like protein
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNAzyme / depurination / GAGA motif / DNA / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Repair DNA polymerase X
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.849 Å
データ登録者Gan, J.H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870721 中国
引用ジャーナル: Methods Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystallization and Structural Determination of 8-17 DNAzyme.
著者: Liu, H. / Mao, S. / Sheng, J. / Gan, J.
履歴
登録2020年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta-like protein
B: DNA polymerase beta-like protein
a: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
b: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5874
ポリマ－53,5874
非ポリマー00
水1448
1
A: DNA polymerase beta-like protein
a: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')

A: DNA polymerase beta-like protein
a: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5874
ポリマ－53,5874
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
2
B: DNA polymerase beta-like protein
b: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')

B: DNA polymerase beta-like protein
b: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5874
ポリマ－53,5874
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_595x,-y+4,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.049, 64.544, 172.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain a
21chain b
12(chain A and (resid 0 through 82 or resid 84 through 174))
22(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DCDCDGDGchain aaC1 - 201 - 20
211DCDCDGDGchain bbD1 - 201 - 20
112GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 82 or resid 84 through 174))AA0 - 824 - 86
122ARGARGLEULEU(chain A and (resid 0 through 82 or resid 84 through 174))AA84 - 17488 - 178
212GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 824 - 86
222ARGARGARGARG(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB84 - 16888 - 172
232GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
242GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
252GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
262GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
272GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
282GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
292GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
2102GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178
2112GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 0 through 82 or resid 84...BB0 - 1744 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase beta-like protein / PO174L / PolX


分子量: 20609.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
遺伝子: O174L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A1E3N6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6184.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: Rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, sodium chloride, Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.849→30 Å / Num. obs: 13544 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 57.9 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1282 / CC1/2: 0.33 / CC star: 0.71 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HRB

5hrb


解像度: 2.849→29.356 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 661 4.89 %
Rwork0.1958 12861 -
obs0.1987 13522 96.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.33 Å2 / Biso mean: 65.3719 Å2 / Biso min: 35.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.849→29.356 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2837 822 0 8 3667
Biso mean---50.23 -
残基数----390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043818
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7815320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6922538
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11a392X-RAY DIFFRACTION10.846TORSIONAL
12b392X-RAY DIFFRACTION10.846TORSIONAL
21A1630X-RAY DIFFRACTION10.846TORSIONAL
22B1630X-RAY DIFFRACTION10.846TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8495-3.06930.35681060.2804235791
3.0693-3.37780.30721410.2276252597
3.3778-3.86560.24881350.1873257998
3.8656-4.86660.23321360.1726261598
4.8666-29.3560.23571430.1858278599
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.9695 Å / Origin y: 92.4991 Å / Origin z: 21.6173 Å
111213212223313233
T0.4491 Å2-0.194 Å2-0.138 Å2-0.4212 Å20.1719 Å2--0.512 Å2
L0.4281 °2-0.2891 °2-0.1119 °2-0.3748 °20.1097 °2--0.1773 °2
S0.0251 Å °-0.014 Å °0.0926 Å °-0.0786 Å °0.0177 Å °-0.0962 Å °-0.023 Å °0.0062 Å °-0.0257 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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