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万見
- PDB-7cph: Crystal structure of tRNA adenosine deaminase from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cph
タイトルCrystal structure of tRNA adenosine deaminase from Bacillus subtilis
要素tRNA-specific adenosine deaminase
キーワードHYDROLASE / tRNA adenosine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA(adenine34) deaminase / tRNA wobble adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine-34 deaminase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
MafB19-like deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA-specific adenosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gaded, V. / Mariam, J. / Anand, R.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other governmentEMR/2015/ 002121 インド
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Deciphering protein microenvironment by using a cysteine specific switch-ON fluorescent probe.
著者: Mariam, J. / Hoskere Ashoka, A. / Gaded, V. / Ali, F. / Malvi, H. / Das, A. / Anand, R.
履歴
登録2020年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA-specific adenosine deaminase
B: tRNA-specific adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2606
ポリマ－36,9452
非ポリマー3154
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area13250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.530, 41.250, 202.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 tRNA-specific adenosine deaminase


分子量: 18472.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: tadA, yaaJ, BSU00180 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P21335, tRNA(adenine34) deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 % / 解説: Flat plate-like crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% tacsimate pH 6.0, 20% PEG3350 / PH範囲: 6.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50.52 Å / Num. obs: 13799 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.064 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.514 / Num. unique obs: 2067 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.574 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
REFMAC7.0.078精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3J

2b3j


解像度: 2.3→38.19 Å / SU ML: 0.2846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 21.3422
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 985 7.17 %
Rwork0.1767 12756 -
obs0.1811 12756 91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 14 38 2321
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00722311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89013114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0494362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.4174327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.30361470.23091872X-RAY DIFFRACTION95.42
2.42-2.570.27761720.21521829X-RAY DIFFRACTION93.99
2.57-2.770.26941350.20571805X-RAY DIFFRACTION93.05
2.77-3.050.27981460.20431768X-RAY DIFFRACTION91.62
3.05-3.490.24891350.17451785X-RAY DIFFRACTION87.35
3.49-4.40.19871230.14411718X-RAY DIFFRACTION85.11
4.4-38.190.1991270.15831979X-RAY DIFFRACTION90.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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