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- PDB-7cp9: Cryo-EM structure of human mitochondrial translocase TOM complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cp9
タイトルCryo-EM structure of human mitochondrial translocase TOM complex at 3.0 angstrom.
要素(Mitochondrial import receptor subunit ...) x 5
キーワードTRANSLOCASE / human mitochondrial translocase TOM complex / Outer membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane ...TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / protein import into mitochondrial matrix / Mitochondrial protein import / protein targeting to mitochondrion / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein insertion into mitochondrial outer membrane / porin activity / pore complex / protein transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / regulation of protein stability / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 ...Mitochondrial import receptor subunit TOM5, metazoa / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homologue / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 / Mitochondrial import receptor subunit Tom22 / TOM7 family / Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom5 / Mitochondrial import receptor subunit or translocase / Tom40 / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Guan, Z. / Yan, L. / Wang, Q. / Yan, C. / Yin, P.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Structural insights into assembly of human mitochondrial translocase TOM complex.
著者: Zeyuan Guan / Ling Yan / Qiang Wang / Liangbo Qi / Sixing Hong / Zhou Gong / Chuangye Yan / Ping Yin /
履歴
登録2020年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30421
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
B: Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
D: Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
F: Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
H: Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog
I: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
J: Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,23021
ポリマ－147,53810
非ポリマー8,69211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "F"
d_1ens_3chain "H"
d_2ens_3chain "G"
d_1ens_4chain "J"
d_2ens_4chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNSERC1 - 49
d_21ens_1ASNSERD1 - 49
d_11ens_2LEUGLYE1 - 52
d_21ens_2LEUGLYF1 - 52
d_11ens_3GLUGLNH1 - 86
d_21ens_3GLUGLNG1 - 86
d_11ens_4CYSGLYJ1 - 286
d_21ens_4CYSGLYI1 - 286

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998659567745, -0.0503710420734, -0.0119090668218), (0.0498819902996, -0.998020245506, 0.0383063520014), (-0.0138150206616, 0.0376609569759, 0.99919507481)124.220929643, 134.434124808, -0.676234147355
2given(-0.999929637583, -0.00982547320245, 0.00664680064596), (0.00988699931261, -0.999907987285, 0.00928785272081), (0.00655493150777, 0.00935291611846, 0.999934775789)121.977589903, 139.310003927, -0.701822427271
3given(-0.999856222127, 0.0166917470536, -0.00298674656644), (-0.0167343029826, -0.999749825336, 0.0148408168457), (-0.00273828019727, 0.0148886641866, 0.999885408185)120.258328834, 140.272604125, -1.09530847945
4given(-0.999999986149, 0.000129814468967, -0.000104161188172), (-0.000129941766397, -0.999999243638, 0.00122304496008), (-0.000104002340456, 0.00122305847803, 0.999999246655)121.641134086, 139.93138466, -0.0826881161002

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要素

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Mitochondrial import receptor subunit ... , 5種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM5 homolog


分子量: 6045.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM5, C9orf105, TOM5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4H5
#2: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM6 homolog / Overexpressed breast tumor protein / Translocase of outer membrane 6 kDa subunit homolog


分子量: 8007.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM6, OBTP, TOM6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96B49
#3: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM7 homolog / Translocase of outer membrane 7 kDa subunit homolog


分子量: 6256.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM7, TOM7, TOMM07, AD-014 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0U1
#4: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM22 homolog / hTom22 / 1C9-2 / Translocase of outer membrane 22 kDa subunit homolog


分子量: 15532.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM22, TOM22 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NS69
#5: タンパク質 Mitochondrial import receptor subunit TOM40 homolog / Protein Haymaker / Translocase of outer membrane 40 kDa subunit homolog / p38.5


分子量: 37926.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOMM40, C19orf1, PEREC1, TOM40 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96008

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非ポリマー , 1種, 11分子

#6: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TOM translocase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 440 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18rc6_3830精密化
PHENIX1.18rc6_3830精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15.0分類
13cryoSPARC2.15.0３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 360445 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 68.01 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00528687
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.640411640
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0421241
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00451431
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.73273502
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.5613E-13
ens_2d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints9.0728E-14
ens_3d_2HELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.6705E-12
ens_4d_2JELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.0866E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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