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万見
- PDB-7cnx: Crystal structure of Apo PSD from E. coli (2.63 A) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cnx
タイトルCrystal structure of Apo PSD from E. coli (2.63 A)
要素
  • Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
  • Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
キーワードLYASE / Phosphatidylserine decarboxylase / pyruvoyl-dependent decarboxylase / auto-cleaved / serine protease / Apo state / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性phosphatidylserine decarboxylase / Phosphatidylserine decarboxylase-related / Phosphatidylserine decarboxylase / Phosphatidylserine decarboxylase, prokaryotic type 1 / Phosphatidylserine decarboxylase / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / plasma membrane / Phosphatidylserine decarboxylase proenzyme
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Kim, J. / Cho, G.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural insights into phosphatidylethanolamine formation in bacterial membrane biogenesis.
著者: Cho, G. / Lee, E. / Kim, J.
履歴
登録2020年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
B: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
C: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
D: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
E: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
F: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
G: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
H: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,5098
ポリマ－132,5098
非ポリマー00
水25214
1
A: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
B: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
C: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
D: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2544
ポリマ－66,2544
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
F: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain
G: Phosphatidylserine decarboxylase beta chain
H: Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2544
ポリマ－66,2544
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.896, 101.847, 170.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROLEULEUAA14 - 25214 - 252
21PROPROLEULEUCC14 - 25214 - 252
12SERSERLEULEUAA8 - 2528 - 252
22SERSERLEULEUEE8 - 2528 - 252
13GLNGLNLEULEUAA10 - 25210 - 252
23GLNGLNLEULEUGG10 - 25210 - 252
14THRTHRSERSERBB255 - 2862 - 33
24THRTHRSERSERDD255 - 2862 - 33
15THRTHRHISHISBB255 - 2902 - 37
25THRTHRHISHISFF255 - 2902 - 37
16THRTHRHISHISBB255 - 2912 - 38
26THRTHRHISHISHH255 - 2912 - 38
17PROPROLEULEUCC14 - 25214 - 252
27PROPROLEULEUEE14 - 25214 - 252
18PROPROLEULEUCC14 - 25214 - 252
28PROPROLEULEUGG14 - 25214 - 252
19THRTHRSERSERDD255 - 2862 - 33
29THRTHRSERSERFF255 - 2862 - 33
110THRTHRSERSERDD255 - 2862 - 33
210THRTHRSERSERHH255 - 2862 - 33
111GLNGLNLEULEUEE10 - 25210 - 252
211GLNGLNLEULEUGG10 - 25210 - 252
112THRTHRHISHISFF255 - 2902 - 37
212THRTHRHISHISHH255 - 2902 - 37

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

#1: タンパク質
Phosphatidylserine decarboxylase beta chain


分子量: 28645.170 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: psd, FAZ83_09855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A6D2XQZ0, phosphatidylserine decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド
Phosphatidylserine decarboxylase alpha chain


分子量: 4482.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: psd, FAZ83_09855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A6D2XQZ0, phosphatidylserine decarboxylase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % / 解説: Rhombus
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.18 M Ammonium acetate, 0.09 M Tris pH 8.5, 22.5% w/v PEG 3350, 5% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→48.83 Å / Num. obs: 42052 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.63-2.738.22.6093550343280.4410.9642.7831100
9.84-48.786.20.0355268950.9990.0130.03250.798.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
MxDCデータ収集
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.63→48.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 18.561 / SU ML: 0.359 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2884 2056 4.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.2338 39931 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.96 Å2 / Biso mean: 62.835 Å2 / Biso min: 35.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.68 Å20 Å20 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----3.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→48.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8431 0 0 14 8445
Biso mean---51.36 -
残基数----1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0138644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.64211813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2331.56817906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.94151120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.69421.658398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.375151230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9171550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021858
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A70580.08
12C70580.08
21A72550.07
22E72550.07
31A70330.07
32G70330.07
41B6000.12
42D6000.12
51B7180.07
52F7180.07
61B6690.13
62H6690.13
71C70860.08
72E70860.08
81C69690.07
82G69690.07
91D6050.11
92F6050.11
101D6220.1
102H6220.1
111E69800.08
112G69800.08
121F6610.13
122H6610.13
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.698 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 145 -
Rwork0.359 2908 -
all-3053 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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