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- PDB-7cnl: Crystal structure of TEAD3 in complex with VT105 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cnl
タイトルCrystal structure of TEAD3 in complex with VT105
要素Transcriptional enhancer factor TEF-5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TEAD / inhibitor / palmitoylation / Hippo pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...asymmetric neuroblast division / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / hippo signaling / embryonic organ development / female pregnancy / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-5 (TEAD3) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G9C / N-oxidanyltetradecanamide / PHOSPHATE ION / Transcriptional enhancer factor TEF-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tang, T.T. / Konradi, A.W.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2021
タイトル: Small Molecule Inhibitors of TEAD Auto-palmitoylation Selectively Inhibit Proliferation and Tumor Growth of NF2 -deficient Mesothelioma.
著者: Tang, T.T. / Konradi, A.W. / Feng, Y. / Peng, X. / Ma, M. / Li, J. / Yu, F.X. / Guan, K.L. / Post, L.
履歴
登録2020年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,81721
ポリマ－101,4634
非ポリマー2,35317
水61334
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8706
ポリマ－25,3661
非ポリマー5045
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11000 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0486
ポリマ－25,3661
非ポリマー6825
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8264
ポリマ－25,3661
非ポリマー4613
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0725
ポリマ－25,3661
非ポリマー7064
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.808, 65.372, 123.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-5 / DTEF-1 / TEA domain family member 3 / TEAD-3


分子量: 25365.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD3, TEAD5, TEF5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99594

-
非ポリマー , 6種, 51分子

#2: 化合物 ChemComp-G9O / N-oxidanyltetradecanamide / N-ヒドロキシテトラデカンアミド


分子量: 243.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H29NO2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-G9C / N-[(1S)-1-pyridin-2-ylethyl]-8-[4-(trifluoromethyl)phenyl]quinoline-3-carboxamide


分子量: 421.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H18F3N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.26M Sodium di-hydrogen Phosphate, 0.14M di-Potassium hydrogen Phosphate, PH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→150.81 Å / Num. obs: 38106 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 4548 / CC1/2: 0.843

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMW

5emw


解像度: 2.6→64.371 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.161 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 1932 5.078 %
Rwork0.2236 36112 -
all0.226 --
obs-38044 99.626 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 75.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.761 Å2-0 Å2-0 Å2
2---9.841 Å20 Å2
3---8.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→64.371 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6846 0 148 34 7028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0137163
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.6619669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0831.59315284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6375838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.84422.183371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.655151241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5561539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.2887
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027818
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.25610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.23192
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0710.23182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0480.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.270.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1610.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5317.9333374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5317.9313372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.90911.8884204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.90811.8894205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3778.3613789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3618.3283758
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.72712.3625465
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.72312.3115418
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.28387.7987168
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.29487.8137169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.6670.3911040.4182623X-RAY DIFFRACTION99.744
2.667-2.7410.4331400.3952613X-RAY DIFFRACTION99.7825
2.741-2.820.2961370.3242462X-RAY DIFFRACTION99.6931
2.82-2.9070.3691080.2932450X-RAY DIFFRACTION99.6106
2.907-3.0020.3611210.2872347X-RAY DIFFRACTION99.236
3.002-3.1070.3321300.2832279X-RAY DIFFRACTION99.1358
3.107-3.2240.2981380.2642168X-RAY DIFFRACTION100
3.224-3.3560.2791150.2392135X-RAY DIFFRACTION100
3.356-3.5050.275950.2182054X-RAY DIFFRACTION99.7679
3.505-3.6760.2051230.191948X-RAY DIFFRACTION99.8554
3.676-3.8740.251010.1921878X-RAY DIFFRACTION99.899
3.874-4.1090.3061020.2091767X-RAY DIFFRACTION100
4.109-4.3920.238910.1741660X-RAY DIFFRACTION99.829
4.392-4.7430.211830.1641562X-RAY DIFFRACTION99.7574
4.743-5.1940.21840.1781418X-RAY DIFFRACTION98.946
5.194-5.8050.302820.2281295X-RAY DIFFRACTION98.7097
5.805-6.6990.309700.2181151X-RAY DIFFRACTION98.6268
6.699-8.1950.258400.211027X-RAY DIFFRACTION100
8.195-11.5460.233390.192798X-RAY DIFFRACTION100
11.546-64.370.338290.303477X-RAY DIFFRACTION99.2157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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