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万見
- PDB-7cne: Crystal Structure of Sphingomyelinase C from Streptomyces griseoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cne
タイトルCrystal Structure of Sphingomyelinase C from Streptomyces griseocarneus
要素Sphingomyelinase C
キーワードHYDROLASE / Sphingomyelinase C / Streptomyces griseocarneus / Metal-binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelinase C/phospholipase C / Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Sphingomyelinase C
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseocarneus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Murayama, K. / Fujisawa, I. / Sugimori, D.
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the high thermal stability and optimum pH of sphingomyelinase C from Streptomyces griseocarneus.
著者: Fujisawa, I. / Hamana, H. / Tomita, Y. / Matsumoto, Y. / Murayama, K. / Sugimori, D.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年10月28日ID: 3WCX
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingomyelinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5733
ポリマ－32,2161
非ポリマー3562
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area100 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.091, 66.091, 142.450
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sphingomyelinase C


分子量: 32216.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseocarneus (バクテリア)
遺伝子: smc / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 参照: UniProt: A6P7M9, sphingomyelin phosphodiesterase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.95M succinic acid, 1% PEGMME 2000, 0.1M HEPES buffer pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.5 Å / Num. obs: 22156 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 24.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 36.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2162 / CC1/2: 0.979

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZWX

1zwx


解像度: 2→48.45 Å / SU ML: 0.1672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.0148 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2000 9.06 %
Rwork0.1626 20087 -
obs0.1662 22087 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2243 0 23 303 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00642332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80273181
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0554331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.09541827
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2371380.16671389X-RAY DIFFRACTION99.16
2.05-2.110.22471390.16471395X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.170.23591390.16381391X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.240.22051410.16421420X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.320.21711390.1561393X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.410.19271420.16241421X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.520.26491400.17441422X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.650.19681420.17221421X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.820.2361410.17991416X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.040.23451430.18471442X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.340.2171450.17831453X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.830.18251450.14411448X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.820.14641470.1321478X-RAY DIFFRACTION100
4.82-48.450.18531590.17231598X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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