PDB-7clu: PigF with SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7clu

タイトル

PigF with SAH

要素

Methyltransferase domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / prodigiosin / PigF / methyl-transferase / induce-fit

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Qiu, S. / Xu, D. / Han, N. / Sun, B. / Ran, T. / Wang, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of PigF, an O-methyltransferase involved in the prodigiosin synthetic pathway, reveal an induced-fit substrate-recognition mechanism.
著者: Qiu, S. / Xu, D. / Xu, M. / Zhou, H. / Sun, N. / Zhang, L. / Zhao, M. / He, J. / Ran, T. / Sun, B. / Wang, W.

履歴

登録	2020年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7clu.cif.gz	242.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7clu.ent.gz	198.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7clu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7clu_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7clu_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7clu_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	7clu_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/7clu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7clfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lmp-2 2ip2-d 6clw-d 3i53-d 2vhv-d 5zta-d 5zt9-d 2ft3-2 1wly-2 3it4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase domain-containing protein

B: Methyltransferase domain-containing protein

ヘテロ分子

77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.095, 52.358, 92.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.352, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Methyltransferase domain-containing protein / Putative O-methyl transferase / SAM-dependent methyltransferase 分子量: 38710.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: pigF, AR325_07835, E4655_02280, FOT62_11605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5W249
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.574 Å / Num. obs: 48615 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 3366 / CC_1/2: 0.506 / R_pim(I) all: 0.624

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	2408	4.955 %
R_work	0.2004	46194	-
all	0.203	-	-
obs	-	48602	93.038 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.824 Å²	-0 Å²	-0.024 Å²
2-	-	3.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.171 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4991	0	10	334	5335

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5114
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	4774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.635	6930
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.295	1.574	11004
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.551	5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.457	21.277	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.033	15	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.446	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5803
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.226	0.2	4669
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.222	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.1	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.263	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.872	3.201	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.87	3.2	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.437	4.782	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.439	4.782	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.467	3.416	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.466	3.416	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.371	5.022	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.37	5.022	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.765	38.392	5988
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.765	38.39	5989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.949	0.327	177	0.3	3499	X-RAY DIFFRACTION	96.2556
1.949-2.003	0.323	195	0.282	3415	X-RAY DIFFRACTION	96.2153
2.003-2.061	0.317	175	0.272	3302	X-RAY DIFFRACTION	95.8379
2.061-2.124	0.301	168	0.25	3215	X-RAY DIFFRACTION	95.619
2.124-2.194	0.301	141	0.236	3097	X-RAY DIFFRACTION	94.9004
2.194-2.271	0.281	180	0.228	2988	X-RAY DIFFRACTION	94.7085
2.271-2.356	0.319	113	0.23	2900	X-RAY DIFFRACTION	94.4218
2.356-2.453	0.282	158	0.234	2739	X-RAY DIFFRACTION	94.3034
2.453-2.562	0.272	140	0.22	2662	X-RAY DIFFRACTION	94.2165
2.562-2.686	0.271	134	0.21	2481	X-RAY DIFFRACTION	93.3929
2.686-2.832	0.257	127	0.204	2384	X-RAY DIFFRACTION	92.8624
2.832-3.003	0.224	126	0.202	2256	X-RAY DIFFRACTION	92.3256
3.003-3.21	0.238	114	0.185	2086	X-RAY DIFFRACTION	91.6667
3.21-3.467	0.263	97	0.188	1962	X-RAY DIFFRACTION	91.6741
3.467-3.798	0.21	88	0.182	1763	X-RAY DIFFRACTION	89.1189
3.798-4.245	0.212	89	0.154	1551	X-RAY DIFFRACTION	88.267
4.245-4.9	0.185	70	0.15	1372	X-RAY DIFFRACTION	86.141
4.9-5.997	0.185	60	0.188	1181	X-RAY DIFFRACTION	88.2646
5.997-8.463	0.196	38	0.184	902	X-RAY DIFFRACTION	84.3049
8-10	0.318	18	0.163	439	X-RAY DIFFRACTION	70.5247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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