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- PDB-7clu: PigF with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7clu
タイトルPigF with SAH
要素Methyltransferase domain-containing protein
キーワードTRANSFERASE / prodigiosin / PigF / methyl-transferase / induce-fit
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能
Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Plant methyltransferase dimerisation / O-methyltransferase dimerisation domain / O-methyltransferase domain / O-methyltransferase COMT-type / O-methyltransferase domain / SAM-dependent O-methyltransferase class II-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Qiu, S. / Xu, D. / Han, N. / Sun, B. / Ran, T. / Wang, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770074 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770050 中国
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of PigF, an O-methyltransferase involved in the prodigiosin synthetic pathway, reveal an induced-fit substrate-recognition mechanism.
著者: Qiu, S. / Xu, D. / Xu, M. / Zhou, H. / Sun, N. / Zhang, L. / Zhao, M. / He, J. / Ran, T. / Sun, B. / Wang, W.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of PigF at 1.9 A
著者: Qiu, S. / Ran, T. / Xu, D. / Wang, W.
履歴
登録2020年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase domain-containing protein
B: Methyltransferase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5734
ポリマ－77,4222
非ポリマー1512
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.095, 52.358, 92.835
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.352, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Methyltransferase domain-containing protein / Putative O-methyl transferase / SAM-dependent methyltransferase


分子量: 38710.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: pigF, AR325_07835, E4655_02280, FOT62_11605 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5W249
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.574 Å / Num. obs: 48615 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 3366 / CC1/2: 0.506 / Rpim(I) all: 0.624

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 2408 4.955 %
Rwork0.2004 46194 -
all0.203 --
obs-48602 93.038 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 30.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.824 Å2-0 Å2-0.024 Å2
2--3.04 Å2-0 Å2
3----1.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4991 0 10 334 5335
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135114
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0174774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.6356930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2951.57411004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5515637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45721.277282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03315824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4461542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025803
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2260.24669
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.22576
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.22504
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.10.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1840.219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1630.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8723.2012558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.873.22556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4374.7823191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4394.7823192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4673.4162556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4663.4162557
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3715.0223739
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.375.0223740
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.76538.3925988
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.76538.395989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.3271770.33499X-RAY DIFFRACTION96.2556
1.949-2.0030.3231950.2823415X-RAY DIFFRACTION96.2153
2.003-2.0610.3171750.2723302X-RAY DIFFRACTION95.8379
2.061-2.1240.3011680.253215X-RAY DIFFRACTION95.619
2.124-2.1940.3011410.2363097X-RAY DIFFRACTION94.9004
2.194-2.2710.2811800.2282988X-RAY DIFFRACTION94.7085
2.271-2.3560.3191130.232900X-RAY DIFFRACTION94.4218
2.356-2.4530.2821580.2342739X-RAY DIFFRACTION94.3034
2.453-2.5620.2721400.222662X-RAY DIFFRACTION94.2165
2.562-2.6860.2711340.212481X-RAY DIFFRACTION93.3929
2.686-2.8320.2571270.2042384X-RAY DIFFRACTION92.8624
2.832-3.0030.2241260.2022256X-RAY DIFFRACTION92.3256
3.003-3.210.2381140.1852086X-RAY DIFFRACTION91.6667
3.21-3.4670.263970.1881962X-RAY DIFFRACTION91.6741
3.467-3.7980.21880.1821763X-RAY DIFFRACTION89.1189
3.798-4.2450.212890.1541551X-RAY DIFFRACTION88.267
4.245-4.90.185700.151372X-RAY DIFFRACTION86.141
4.9-5.9970.185600.1881181X-RAY DIFFRACTION88.2646
5.997-8.4630.196380.184902X-RAY DIFFRACTION84.3049
8-100.318180.163439X-RAY DIFFRACTION70.5247

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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