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万見
- PDB-7cls: Solution structure of an intramolecular G-quadruplex containing a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cls
タイトルSolution structure of an intramolecular G-quadruplex containing a duplex bulge
要素DNA (33-MER)
キーワードDNA / G-quadruplex / quadruplex-duplex hybrid / bulge
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Nguyen, T.Q.N. / Lim, K.W. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-NRFI2017-09 シンガポール
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Duplex formation in a G-quadruplex bulge.
著者: Ngoc Nguyen, T.Q. / Lim, K.W. / Phan, A.T.
履歴
登録2020年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年10月14日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_na_base_pair ...atom_site / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nmr_refine / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist
改定 2.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (33-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3931
ポリマ－10,3931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (33-MER)


分子量: 10392.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic21D proton
2102isotropic21D proton
121isotropic22D JRechoNOESY 200 ms
272isotropic22D NOESY 100 ms
2112isotropic22D NOESY 200 ms
232isotropic22D NOESY 300 ms
242isotropic22D HSQC-sugar
252isotropic22D HSQC-aromatic
163isotropic11D HMQC
282isotropic22D COSY
292isotropic22D TOSCY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4, 90% H2O/10% D2OH2O90% H2O/10% D2O
solution30.7 mM 15N Guanine DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4, 90% H2O/10% D2OH2O-15N90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM N.A DNA (33-MER), 30 mM N.A potassium chloride, 10.7 mM N.A K2HPO4, 9.3 mM N.A KH2PO4, 100% D2OD2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMDNA (33-MER)N.A1
30 mMpotassium chlorideN.A1
10.7 mMK2HPO4N.A1
9.3 mMKH2PO4N.A1
0.7 mMDNA (33-MER)15N Guanine3
30 mMpotassium chlorideN.A3
10.7 mMK2HPO4N.A3
9.3 mMKH2PO4N.A3
0.7 mMDNA (33-MER)N.A2
30 mMpotassium chlorideN.A2
10.7 mMK2HPO4N.A2
9.3 mMKH2PO4N.A2
試料状態

イオン強度: 71.4 mM / pH: 7.0 Not defined / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

Conditions-IDLabel
1H2O
2D2O
3H2O_15N

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
FelixAccelrys Software Inc.peak picking
SpinWorksKirk Maratデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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