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- PDB-7clk: Mycobacterium tuberculosis enolase in complex with alternate 2-ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7clk
タイトルMycobacterium tuberculosis enolase in complex with alternate 2-phosphoglycerate
要素Enolaseホスホピルビン酸ヒドラターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / enolase (ホスホピルビン酸ヒドラターゼ) / complex / 2-phosphoglycerate (2-ホスホグリセリン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding / 細胞膜 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ホスホグリセリン酸 / 酢酸塩 / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Ahmad, M. / Jha, B. / Tiwari, S. / Pal, R.K. / Biswal, B.K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2023
タイトル: Structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis enolase reveal dual mode of 2PG binding and its implication in enzyme catalysis.
著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R ...著者: Mohammed Ahmad / Bhavya Jha / Sucharita Bose / Satish Tiwari / Abhisek Dwivedy / Deepshikha Kar / Ravikant Pal / Richard Mariadasse / Tanya Parish / Jeyaraman Jeyakanthan / Kutti R Vinothkumar / Bichitra Kumar Biswal /
要旨: Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The ...Enolase, a ubiquitous enzyme, catalyzes the reversible conversion of 2-phosphoglycerate (2PG) to phosphoenolpyruvate (PEP) in the glycolytic pathway of organisms of all three domains of life. The underlying mechanism of the 2PG to PEP conversion has been studied in great detail in previous work, however that of the reverse reaction remains to be explored. Here we present structural snapshots of Mycobacterium tuberculosis (Mtb) enolase in apo, PEP-bound and two 2PG-bound forms as it catalyzes the conversion of PEP to 2PG. The two 2PG-bound complex structures differed in the conformation of the bound product (2PG) viz the widely reported canonical conformation and a novel binding pose, which we refer to here as the alternate conformation. Notably, we observed two major differences compared with the forward reaction: the presence of Mg is non-obligatory for the reaction and 2PG assumes an alternate conformation that is likely to facilitate its dissociation from the active site. Molecular dynamics studies and binding free energy calculations further substantiate that the alternate conformation of 2PG causes distortions in both metal ion coordination and hydrogen-bonding interactions, resulting in an increased flexibility of the active-site loops and aiding product release. Taken together, this study presents a probable mechanism involved in PEP to 2PG catalysis that is likely to be mediated by the conformational change of 2PG at the active site.
履歴
登録2020年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,96116
ポリマ－45,9621
非ポリマー99915
水3,171176
1
A: Enolase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)375,692128
ポリマ－367,6998
非ポリマー7,993120
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area36760 Å2
ΔGint-261 kcal/mol
Surface area94620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.804, 139.804, 89.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-731-

HOH

21A-738-

HOH

31A-742-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Enolase / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 45962.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: eno, AYJ03_005430, DSI38_18100, ERS007663_02163, ERS013471_01432, ERS024276_01771, ERS027659_01730, ERS075361_03197, ERS094182_03347, F6W99_03724, SAMEA2683035_03102
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0E8NV14, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ

-
非ポリマー , 5種, 191分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-2PG / 2-PHOSPHOGLYCERIC ACID / 2-ホスホグリセリン酸


分子量: 186.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 29616 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.39
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.545 / Num. unique obs: 2875 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5j04

5j04


解像度: 2.15→23.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 10.214 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1908 1143 4.8 %RANDOM
Rwork0.1425 ---
obs0.1448 22819 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.42 Å2 / Biso mean: 27.325 Å2 / Biso min: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→23.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3095 0 64 176 3335
Biso mean--50.12 36.13 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5031.644379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3621.5736953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2595434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72822.739157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.21315484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.391521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02638
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 81 -
Rwork0.196 1656 -
all-1737 -
obs--97.58 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.3662 Å / Origin y: -41.467 Å / Origin z: 3.6108 Å
111213212223313233
T0.012 Å2-0.014 Å2-0.0074 Å2-0.0215 Å20.0002 Å2--0.0182 Å2
L0.0638 °2-0.018 °20.0329 °2-0.1544 °2-0.0056 °2--0.3182 °2
S0.0127 Å °0.0015 Å °-0.033 Å °0.0012 Å °-0.0045 Å °0.0011 Å °-0.0442 Å °0.0733 Å °-0.0082 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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