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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ck4
タイトルStructural and functional analysis of small heat shock protein from Synechococcus phage S-ShM2
要素Heat shock protein
キーワードCHAPERONE / small heat shock protein / oligomers / nanocage / chaperone activity.
機能・相同性Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Heat shock protein
機能・相同性情報
生物種Synechococcus phage S-ShM2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Biswas, S. / Suguna, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)DST-1865 インド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Multiple nanocages of a cyanophage small heat shock protein with icosahedral and octahedral symmetries.
著者: Sreeparna Biswas / Priyanka Garg / Somnath Dutta / Kaza Suguna /
要旨: The structures of a cyanophage small heat shock protein (sHSP) were determined as octahedrons of 24-mers and 48-mers and as icosahedrons of 60-mers. An N-terminal deletion construct of an 18 kDa ...The structures of a cyanophage small heat shock protein (sHSP) were determined as octahedrons of 24-mers and 48-mers and as icosahedrons of 60-mers. An N-terminal deletion construct of an 18 kDa sHSP of Synechococcus sp. phage S-ShM2 crystallized as a 24-mer and its structure was determined at a resolution of 7 Å. The negative stain electron microscopy (EM) images showed that the full-length protein is a mixture of a major population of larger and a minor population of smaller cage-like particles. Their structures have been determined by electron cryomicroscopy 3D image reconstruction at a resolution of 8 Å. The larger particles are 60-mers with icosahedral symmetry and the smaller ones are 48-mers with octahedral symmetry. These structures are the first of the viral/phage origin and the 60-mer is the largest and the first icosahedral assembly to be reported for sHSPs.
履歴
登録2020年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22021年8月4日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ..._pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2]
改定 1.32022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein
B: Heat shock protein
C: Heat shock protein
D: Heat shock protein
E: Heat shock protein
F: Heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9566
ポリマ－116,9566
非ポリマー00
水00
1
A: Heat shock protein
B: Heat shock protein
C: Heat shock protein
D: Heat shock protein
E: Heat shock protein
F: Heat shock protein

A: Heat shock protein
B: Heat shock protein
C: Heat shock protein
D: Heat shock protein
E: Heat shock protein
F: Heat shock protein

A: Heat shock protein
B: Heat shock protein
C: Heat shock protein
D: Heat shock protein
E: Heat shock protein
F: Heat shock protein

A: Heat shock protein
B: Heat shock protein
C: Heat shock protein
D: Heat shock protein
E: Heat shock protein
F: Heat shock protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,82524
ポリマ－467,82524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.146, 126.146, 152.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質
Heat shock protein / small heat shock protein


分子量: 19492.713 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus phage S-ShM2 (ファージ)
遺伝子: hsp20, SShM2_166 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E3SJI7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Lithium sulphate monohydrate, 0.1M Tris, 25% PEG 3350
PH範囲: 7.0-9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7→48.7 Å / Num. obs: 1915 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 7→7.83 Å / Rmerge(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 557 / CC1/2: 0.628 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZJA

4zja


解像度: 7→48.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.704 / SU ML: 21.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 5.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4335 99 5.2 %RANDOM
Rwork0.34566 ---
obs0.35063 1816 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 490.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.88 Å20 Å20 Å2
2---4.88 Å20 Å2
3---9.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 7→48.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4678 0 0 0 4678
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0155098
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.7396929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3811.70210816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6325614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.31119.944177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1415744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0661524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it24.67850.732474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other24.67350.7282475
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it42.84276.0783082
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other42.83676.0743083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it19.2250.7322624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other19.22150.7362623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other35.85676.1293848
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined68.5395168
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other68.5335169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 7.001→7.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.154 6 -
Rwork0.21 136 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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