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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ck1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of arabidopsis CESA3 catalytic domain | ||||||
要素 | Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming],Cellulose synthase A catalytic subunit 3 [UDP-forming] | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / enzyme / synthase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plant-type secondary cell wall biogenesis / plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / plasmodesma / trans-Golgi network / cell wall organization / defense response / endosome ...plant-type secondary cell wall biogenesis / plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / plasmodesma / trans-Golgi network / cell wall organization / defense response / endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å | ||||||
データ登録者 | Qiao, Z. / Gao, Y.G. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Structure of Arabidopsis CESA3 catalytic domain with its substrate UDP-glucose provides insight into the mechanism of cellulose synthesis. 著者: Qiao, Z. / Lampugnani, E.R. / Yan, X.F. / Khan, G.A. / Saw, W.G. / Hannah, P. / Qian, F. / Calabria, J. / Miao, Y. / Gruber, G. / Persson, S. / Gao, Y.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ck1.cif.gz | 150.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ck1.ent.gz | 119.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ck1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ck1_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ck1_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ck1_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ck1_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7ck1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/7ck1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45971.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: CESA3, ATHB, CEV1, ELI1, IXR1, RSW5, At5g05170, K2A11.4 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q941L0, cellulose synthase (UDP-forming) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.87 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 59250 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.41 % / Biso Wilson estimate: 58.6 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.14 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 12.09 % / Mean I/σ(I) obs: 0.83 / Num. unique obs: 4379 / CC1/2: 0.59 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→48.08 Å / SU ML: 0.4049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 38.1432 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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