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万見
- PDB-7cjv: Solution structure of monomeric superoxide dismutase 1 with an ad... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cjv
タイトルSolution structure of monomeric superoxide dismutase 1 with an additional mutation H46W in a dilute environment
要素Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dismutase / Monomer / Amyloid
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Iwakawa, N. / Morimoto, D. / Walinda, E. / Danielsson, J. / Shirakawa, M. / Sugase, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18J22192 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17K19196 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H04551 日本
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2021
タイトル: Transient Diffusive Interactions with a Protein Crowder Affect Aggregation Processes of Superoxide Dismutase 1 beta-Barrel.
著者: Iwakawa, N. / Morimoto, D. / Walinda, E. / Leeb, S. / Shirakawa, M. / Danielsson, J. / Sugase, K.
履歴
登録2020年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0381
ポリマ－11,0381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6390 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase


分子量: 11038.354 Da / 分子数: 1 / 変異: H46W / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: loops IV and VII deleted, apo form / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: superoxide dismutase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1101isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
191isotropic13D HNCO
181isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D HNCA
1171isotropic13D HN(CO)CA
1161isotropic13D CBCA(CO)NH
1151isotropic13D HN(CA)CB
1141isotropic13D CC(CO)NH
1131isotropic13D (H)CCH-COSY
1121isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D H(CCO)NH
1231isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1221isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] Monomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII deleted, apo form, with an additional mutation H46W, 10 mM Bis-Tris, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C/15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMonomeric Human Cu,Zn Superoxide dismutase, loops IV and VII deleted, apo form, with an additional mutation H46W[U-13C; U-15N]1
10 mMBis-Trisnatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRPipe9.6Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNデータ解析
MOLMOL2K.2Koradi, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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