+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cjo | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of metal-bound state of glucose isomerase | |||||||||
![]() | Xylose isomerase | |||||||||
![]() | ISOMERASE / glucose isomerase / metal-bound state | |||||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nam, K.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the metal-free state of glucose isomerase reveals its minimal open configuration for metal binding. 著者: Nam, K.H. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 315.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 255.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298.5 K / 手法: batch mode / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, ammonium sulfate, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 152202 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 24.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.03 / Num. unique obs: 6645 / CC1/2: 0.791 / CC star: 0.94 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6IRK 解像度: 1.4→31.46 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 12.84 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 69.49 Å2 / Biso mean: 11.3273 Å2 / Biso min: 2.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→31.46 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|