PDB-7cjn: grass carp interleukin-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cjn

タイトル

grass carp interleukin-2

要素

Interleukin

キーワード

CYTOKINE / fish / interleukin 2 / receptor / evolution

機能・相同性

regulation of macromolecule metabolic process / Interleukin-15/Interleukin-21 family / Interleukin 15 / cytokine receptor binding / Four-helical cytokine-like, core / cytokine activity / immune response / extracellular space / Interleukin

機能・相同性情報

生物種

Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Wang, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the co-evolution of IL-2 and its private receptor
著者: Wang, J.

履歴

登録	2020年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cjn.cif.gz	65.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cjn.ent.gz	42.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cjn_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cjn_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	7cjn_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	7cjn_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7d9m-d 4prj-d 1j6r-2 4cv9-d 3vqu-d 4c4g-d 4c4i-d 5ei8-d 4jai-d 2h34-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Interleukin

D: Interleukin

28 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.090, 83.090, 302.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	Interleukin 分子量: 13987.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) 遺伝子: IL-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4D6NYT7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PH8.2, 0.056M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344M Potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.66→45 Å / Num. obs: 17766 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 40.62 Å² / R_merge(I) obs: 0.2 / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 15.3
反射シェル	解像度: 2.66→2.726 Å / Num. unique obs: 16914 / CC_1/2: 0.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.66→38.42 Å / SU ML: 0.4724 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 41.5505
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4123	860	4.84 %
R_work	0.3779	16906	-
obs	0.3779	17766	94.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.66→38.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1850	0	0	0	1850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0102	1878
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1746	2526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0475	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	324
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.754	246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.66-2.82	0.3651	90	0.3461	1930	X-RAY DIFFRACTION	66.49
2.82-3.04	0.3953	147	0.3592	2893	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.04-3.35	0.3972	144	0.3743	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
3.35-3.83	0.4181	143	0.3558	2943	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.83-4.83	0.4115	160	0.3528	3005	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.83-38.42	0.4282	176	0.4277	3201	X-RAY DIFFRACTION	99.53

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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