PDB-7cjg: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingival...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7cjg

タイトル

Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase

要素

Glutamine cyclotransferase-related protein

キーワード

ANTIBIOTIC / glutaminyl cyclase / pyroglutamate / prophyromonas gingivalis

機能・相同性

Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / zinc ion binding / 5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE / NITRATE ION / Glutamine cyclotransferase-related protein

機能・相同性情報

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ruiz-Carrillo, D. / Lamers, S. / Feng, Q. / Yu, S. / Sun, B. / Jiang, J. / Lukman, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and kinetic characterization of Porphyromonas gingivalis glutaminyl cyclase.
著者: Lamers, S. / Feng, Q. / Cheng, Y. / Yu, S. / Sun, B. / Lukman, M. / Jiang, J. / Ruiz-Carrillo, D.

履歴

登録	2020年7月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7cjg.cif.gz	332.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7cjg.ent.gz	274.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7cjg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7cjg_validation.pdf.gz	481.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7cjg_full_validation.pdf.gz	488.2 KB	表示
XML形式データ	7cjg_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	7cjg_validation.cif.gz	35.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/7cjg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cjeSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7cje-1 6qql-1 7cje-2 5fyr-1 3b3c-d 5qtx-d 6y88-4 6qql-2 6b77-d 5yby-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (2) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (2)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamine cyclotransferase-related protein

B: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

74 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamine cyclotransferase-related protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.117, 91.117, 165.063
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	(CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 50 OR RESID 52...	A
2	1	1	(CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 50 OR RESID 52...	B

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glutamine cyclotransferase-related protein 分子量: 36565.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: PG_2157 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MT37

-
非ポリマー , 6種, 344分子

#2: 化合物	ChemComp-DMD / 5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE / 5,6-ジメチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル分子量: 146.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.52 %
結晶化	温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Purified PgQC was concentrated up to 50 mg/ml and it was mixed in a 1:0.7 volume ratio with the crystallization buffer 0.1 M TRIS pH 8.0, 0.3 M MgNO3(H2O)6, 24% (w/v) PEG8000) incubating at 14 C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.56 Å / Num. obs: 103509 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 24 % / B_iso Wilson estimate: 31.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.2057 / Net I/σ(I): 27.83
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 1.565 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 5383 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7CJE

7cje

解像度: 2→32.06 Å / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.358 / 位相誤差: 21.987
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	5166	4.991 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
obs	0.18	103501	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4385	0	49	333	4767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.576	6167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.873	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	810

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3487	174	0.335	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.3389	172	0.3191	3248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.3266	171	0.2933	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.3325	171	0.2975	3232	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.3312	169	0.2808	3260	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2918	173	0.2595	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.2905	168	0.2409	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.3014	176	0.2615	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2524	0.435	169	0.3574	3209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2524-2.2893	0.3135	167	0.2953	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2893-2.3288	0.2866	181	0.2114	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3288-2.3711	0.2501	169	0.2081	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3711-2.4167	0.241	176	0.1921	3307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4167-2.4661	0.2206	175	0.1779	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4661-2.5197	0.2117	170	0.171	3302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5197-2.5782	0.2389	173	0.169	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5782-2.6427	0.1954	172	0.1664	3268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6427-2.7141	0.2049	174	0.1688	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7141-2.7939	0.1856	175	0.1641	3275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7939-2.884	0.2021	175	0.1647	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.884-2.9871	0.1927	170	0.1685	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9871-3.1066	0.2373	175	0.1768	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1066-3.2478	0.1783	174	0.1763	3312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2478-3.4189	0.2433	174	0.1732	3240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4189-3.6328	0.2094	171	0.1589	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6328-3.9128	0.1694	178	0.1425	3274	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9128-4.3058	0.162	169	0.1246	3306	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3058-4.9269	0.1349	168	0.1133	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9269-6.2	0.1808	173	0.1478	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-32.0632	0.2049	164	0.1799	3267	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4766	-0.4258	0.3537	0.8475	0.4959	1.133	-0.1535	-0.1614	-0.0192	0.2149	0.1171	0.0319	-0.0898	-0.0147	-0.0048	0.2372	0.0352	0.01	0.1902	0.0008	0.2045	49.4907	-22.3916	13.2359
2	0.5382	-0.0834	-0.0775	0.4493	0.507	0.7782	-0.0375	0.0949	-0.2945	-0.0139	0.057	-0.0322	0.1044	-0.018	-0.0086	0.2495	0.0202	-0.0157	0.1948	0.005	0.3024	49.7082	-30.1446	7.3
3	0.0836	0.0459	0.0076	0.0973	0.1927	0.2252	-0.0398	0.2271	-0.1187	-0.1395	0.1057	0.0702	-0.1739	-0.0002	0.0003	0.3178	-0.0024	0.001	0.2413	-0.0018	0.2193	52.3459	-12.3129	3.9211
4	0.2079	0.0314	0.1119	0.1567	0.2276	0.3372	0.0492	0.1536	-0.2152	-0.1718	-0.1305	0.1369	0.1789	-0.2297	0	0.2543	0.0174	-0.0031	0.3316	-0.032	0.3195	39.3429	-26.3195	3.2698
5	0.5496	0.2664	0.1435	0.6897	1.2829	0.977	-0.0497	0.1848	-0.2573	-0.1721	0.0621	-0.0218	-0.1099	-0.0589	0.03	0.2649	0.0141	0.004	0.291	-0.0387	0.2371	50.4725	-27.5429	-8.6596
6	0.5377	0.1187	-0.3035	0.3316	0.4779	0.7787	0.0069	0.1104	-0.1378	-0.1469	0.0869	-0.1792	-0.0752	0.2633	0	0.2874	-0.0048	0.0068	0.2716	-0.0293	0.2944	58.8393	-25.1028	-0.1828
7	0.1777	-0.3744	0.0432	0.3832	0.175	1.0445	0.0868	0.1536	-0.0712	-0.0648	-0.103	-0.0219	0.3109	0.0063	-0.0133	0.3014	-0.0195	-0.0129	0.2616	-0.0584	0.2885	32.9407	-9.3127	16.9135
8	0.3456	-0.5902	-0.1414	1.0031	0.275	1.0943	0.0442	0.0438	-0.0271	0.1221	-0.0598	0.1598	0.319	-0.0701	-0.0072	0.2632	-0.048	0.0136	0.1926	0.0087	0.2543	31.3404	-5.3072	26.9435
9	0.2572	-0.0338	-0.0704	1.3834	-0.0667	0.3207	0.0623	0.3249	-0.0497	0.1225	-0.1752	0.4203	-0.2325	-0.42	-0.1009	0.2534	-0.034	0.0353	0.5384	-0.0003	0.3965	17.4377	0.2853	27.6413
10	0.5883	-0.1564	-0.1266	1.2801	0.3566	1.3408	0.0252	0.0873	0.1111	-0.0823	-0.0664	0.0953	-0.2075	-0.177	0	0.2288	0.035	0.0028	0.2125	0.0191	0.2539	32.1326	9.0527	22.9049

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 41 THROUGH 111 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 112 THROUGH 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 151 THROUGH 179 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 180 THROUGH 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 219 THROUGH 294 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 295 THROUGH 328 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 41 THROUGH 82 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 179 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 180 THROUGH 202 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 203 THROUGH 328 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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