[日本語] English
万見
- PDB-7cj2: Crystal structure of the Fab antibody complexed with human YKL-40 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cj2
タイトルCrystal structure of the Fab antibody complexed with human YKL-40
要素
  • Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a
  • Fab(Heavy chain)
  • Fab(Light chain)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Chitin binding protein / Inflammatory response / Fab / antibody-antigen complex / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin binding / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response ...activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / chitin binding / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / carbohydrate metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / inflammatory response / apoptotic process / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Chitinase-3-like protein 1 / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase-3-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Choi, S. / Na, J.H. / Lee, S.J. / Woo, J.R. / Kim, D.Y. / Hong, J.T. / Lee, W.K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Fab antibody complexed with human YKL-40
著者: Choi, S. / Na, J.H. / Lee, S.J. / Woo, J.R. / Kim, D.Y. / Lee, W.K.
履歴
登録2020年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Fab(Heavy chain)
D: Fab(Light chain)
A: Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a
B: Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a
K: Fab(Heavy chain)
L: Fab(Light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,1588
ポリマ－174,1476
非ポリマー1,0112
水3,765209
1
C: Fab(Heavy chain)
D: Fab(Light chain)
A: Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6604
ポリマ－87,0743
非ポリマー5871
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
2
B: Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a
K: Fab(Heavy chain)
L: Fab(Light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4984
ポリマ－87,0743
非ポリマー4241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.583, 132.526, 160.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CKDL

#1: 抗体 Fab(Heavy chain)


分子量: 23128.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3]
#2: 抗体 Fab(Light chain)


分子量: 23407.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21[DE3]

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 211分子 AB

#3: タンパク質 Chitinase 3-like 1 (Cartilage glycoprotein-39), isoform CRA_a


分子量: 40536.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHI3L1, hCG_24326 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024R969
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: 0.6M Sodium Chloride, 0.1M MES:NaOH, pH 6.5, 20% (w/v)PEG 4000, 1.0M NDSB-256

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.83 Å / Num. obs: 70738 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 64.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.45→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.07466 / Num. unique obs: 70634 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSv1.0.5データ削減
XDSv1.0.5データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HJX,5VEB

1hjx

5veb


解像度: 2.7→45.83 Å / SU ML: 0.4011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.0523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 2640 4.98 %
Rwork0.2121 50356 -
obs0.2149 52996 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11441 0 67 209 11717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008511787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.050416062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05381818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00622058
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.85851671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.750.38361410.29472601X-RAY DIFFRACTION99.93
2.75-2.80.35921360.27672619X-RAY DIFFRACTION99.86
2.8-2.860.34191440.25522609X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.920.32621190.24652623X-RAY DIFFRACTION99.89
2.92-2.990.33031440.25042595X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.060.32411500.24412619X-RAY DIFFRACTION99.89
3.06-3.150.31481410.23412637X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.240.3131460.2412595X-RAY DIFFRACTION99.85
3.24-3.340.27291360.22872645X-RAY DIFFRACTION99.96
3.34-3.460.24751450.212621X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.60.2481440.1982635X-RAY DIFFRACTION100
3.6-3.770.26571400.1972628X-RAY DIFFRACTION99.96
3.77-3.960.27891390.19242629X-RAY DIFFRACTION99.93
3.96-4.210.23641320.18232694X-RAY DIFFRACTION99.96
4.21-4.540.20871280.17642651X-RAY DIFFRACTION99.75
4.54-4.990.2291350.17332693X-RAY DIFFRACTION100
4.99-5.710.26011460.20282680X-RAY DIFFRACTION99.96
5.72-7.20.2891200.24842732X-RAY DIFFRACTION99.93
7.2-45.830.27441540.22732850X-RAY DIFFRACTION99.87

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る