+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7cih | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant S285G | ||||||
要素 | Lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase | ||||||
機能・相同性 | : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / (4-nitrophenyl) hexanoate / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / P-NITROPHENOL / Lipase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Erythrobacter longus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.789 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, X. / Li, Z. / Xu, X. / Li, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2021 タイトル: Mechanism and Structural Insights Into a Novel Esterase, E53, Isolated From Erythrobacter longus . 著者: Ding, Y. / Nie, L. / Yang, X.C. / Li, Y. / Huo, Y.Y. / Li, Z. / Gao, Y. / Cui, H.L. / Li, J. / Xu, X.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7cih.cif.gz | 278.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7cih.ent.gz | 219.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7cih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/7cih | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33128.703 Da / 分子数: 4 / 変異: S285G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Erythrobacter longus (バクテリア) 遺伝子: EH31_02760 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: A0A074MDU6 |
---|
-非ポリマー , 8種, 1304分子
#2: 化合物 | ChemComp-D8F / ( #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | ChemComp-DIO / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MES pH 6.5, PEG, ammonium sulfate, dioxane, PEG 1000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.789→48.54 Å / Num. obs: 189466 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 30.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02048 / Net I/σ(I): 18.53 |
反射 シェル | 解像度: 1.789→1.853 Å / Rmerge(I) obs: 0.3826 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 18072 / CC1/2: 0.825 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4YPV 解像度: 1.789→48.54 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.88 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.789→48.54 Å
| ||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.789→1.853 Å
|